In dit kleine stadje, dat ten zuiden van Antigua ligt, liet Francisco Marroquín, de eerste bisschop van Guatemala, in 1547 een paleis bouwen. Hij koos deze plek vanwege de prachtige ligging aan de voet van de vulkaan Agua met uitzicht op de Panchoy-vallei en de nieuwe stad Santiago. Het paleis werd in 1936 gerestaureerd en is vanuit Antigua gemakkelijk te zien. De kerk is nog in haar oor-spronkelijke midden-16e-eeuwse staat en ook vanwege de altaren is het een historisch monument. Behalve tijdens de diensten is de kerk niet open, maar via een klop op de deur van het paleis mag je er misschien toch in. Nonnen onderhouden de kerk en helpen de inheemse bevolking; vrouwen uit Santa Maria de Jesús komen hier vaak water halen. San Juan biedt mooie uitzichten op Antigua en de omgeving. Als je vanuit Santa Maria de Jesús in twee uur terugwandelt, passeer je San Juan. Micro’s vertrekken elk halfuur vanaf het busstation; het ritje duurt een kwartier.