Schuin boven Lipsi ligt het onbedorven Agathonisi, het meest noordelijke eilandje in de Dodekanesos dat via Patmos, Leros en Lipsi te bereiken is. De amper 130 inwoners leven van de visserij en de landbouw zijn zeer vroom en hangen nog erg aan hun oude tradities. Het eiland heeft een mooie natuur met veel zeldzame vogelsoorten. In de vijf grotten op Agahonisi verstopten de inwoners zich in het verleden voor zeerovers. er zijn enkele zeer idyllische strandjes. Op het eiland bevinden zich resten van middeleeuwse opslagruimtes waarvan het verhaal gaat dat ze deel uitmaken van een ondergronds gangenstelsel die de verschillende delen van het eilandje met elkaar verbinden. Er zijn twee dorpen op het eiland: Megalo Chorio, het hoofdstadje en Mikro Chorio waar nog maar een handjevol mensen woont.