Puerto Aisén was de eerste nederzetting die in 1880 in dit deel van Patagonië werd gesticht. Het was een uitvoerhaven voor hout en werd later uitgangsbasis voor de grote schapenfarms en de verdere ontsluiting van de regio. Nu heeft Coihaique de rol van Puerto Aisén als hoofdstad overgenomen. Het kleine stadje Puerto Aisén heeft nu 13.000 inwoners en is vooral van belang met zijn haven Puerto Chacabuco, die 15 km verder naar het westen aan de Aisén-fjord is aangelegd omdat de haven van Puerto Aisén dichtgeslibd raakte. Het kleine haventje Puerto Chacabuco is een belangrijke ferryterminal voor schepen van en naar Chiloé, Chaitén en Puerto Montt, en vertrekpunt voor de bootexcursies naar warme bronnen en Laguna San Rafael. Accommodatie hebben Puerto Aisén en Puerto Chacabuco in alle categorieën, maar wie hier niet per se hoeft te zijn raad ik aan verder te reizen naar het grotere Coihaique, dat de reiziger meer te bieden heeft en gezelliger is. Als het regent aan de kust bij Puerto Aisén wil het bovendien nog wel eens droog zijn in Coihaique, dat een stuk oostelijker ligt.