Nadat Malakka in 1511 door de Portugezen veroverd was, steeg het belang van Brunei als Maleis machtscentrum. Net als Malakka hadden Brunei en China in de voorgaande jaren zaakgelastigden uitgewisseld (1405). De heerser van Brunei (Boni) werd toen door het Chinese keizerlijke hof erkend als soeverein bestuurder. Hij werd ook regelmatig ontvangen aan het keizerlijke hof. Als gevolg hiervan genoten het land en zijn heerser de steun en bescherming van de Chinezen.

Net als Malakka was ook Brunei een entrepot. In die tijd moest dat wel omdat de scheepvaart afhankelijk was van de wind en de windrichting. Chinese handelaren kwamen tijdens de noordoostmoesson en ze keerden naar hun vaderland terug als de wind draaide. Ook konden ze Brunei gebruiken als uitvalsbasis voor handel met de Sulu-archipel en met het gebied dat we tegenwoordig de Filipijnen noemen. Met de val van Malakka werd waarschijnlijk de basis gelegd voor de islamisering van Brunei. Veel islamitische handelaren gingen nu niet langer naar het door fanatieke christenen bezette Malakka, maar naar het noordwesten van Borneo. Toen de stad viel was een groot aantal edellieden op de vlucht geslagen. Sommigen van hen gingen naar Brunei. Rond 1514 bekeerde de toenmalige sultan van Brunei zich tot de islam.

In 1571 kwamen er echter grote problemen. De Spanjaarden veroverden de Filipijnen. In 1578 werd Brunei onder de voet gelopen en er kwam een Spaans bestuur. De Spanjaarden bleken echter nogal gevoelig voor allerlei tropische ziekten en ze trokken zich uit het gebied terug. Een groot nadeel voor Brunei was, dat ze hun invloed op de Filipijnen kwijt waren. Een ander deel van zijn macht werd Brunei afhandig gemaakt door de Sulu-archipel. De handel van dit sultanaat groeide gestadig en overvleugelde op lange termijn de commerciële activiteiten van Brunei.

Gedurende vele jaren bleef de status quo in het gebied min of meer gehandhaafd. Brunei was nog steeds het middelpunt van noordelijk Borneo en de sultan was de baas. Pas in de jaren veertig van de 19e eeuw kwam daar, met de komst van de Britse avonturier James Brooke, verandering in. Deze hielp de radja muda met het neerslaan van een opstand in de buurt van Kuching. Als beloning voor deze heldendaad kreeg James het omringende territorium onder zijn beheer plus de titel radja. Zeer snel bracht hij een vorm van rust en vrede in het aan hem toegewezen territorium. Daarna begon hij te knabbelen aan het gebied van de sultan.

In 1847 sloot Londen een overeenkomst met de sultan van Brunei, waarbij onder andere het eiland Labuan in Britse handen kwam. Er werd een bunkerhaven voor stoomschepen ingericht. James Brooke werd de eerste gouverneur van Labuan en tot 1853 functioneerde hij tevens als vertegenwoordiger van de Britten aan het hof van de sultan.

British North Borneo Company

In 1877 kwamen een Engelsman, Alfred Dent, een Oostenrijker, Gustavus von Overbeck en nog een Engelsman, William Treacher met de sultan van Brunei overeen dat zij het deel van Borneo dat nu bekend is onder de naam Sabah zouden mogen gaan exploiteren. In ruil daarvoor betaalden zij de sultan jaarlijks $ 15.000. Omdat de sultan van de Sulu-archipel óók een claim had op het gebied, werd met deze heerser eveneens een verdrag gesloten. Hier betaalde men $ 5000 voor de concessie. De British North Borneo Company werd in 1881 officieel in Londen geregistreerd. William Treacher werd de eerste Britse gouverneur van het gebied.

Charles Brooke, de opvolger van James, ventileerde het plan om wat er nog van Brunei over was, op te nemen in zijn rijk. Het leek er even op dat het land in zijn geheel zou verdwijnen. In 1888 werd Brunei een Brits protectoraat en als zodanig werd het gered van de totale ondergang. Twee jaar later werd het beetje territorium dat er nog over was ook nog eens in twee stukken gehakt omdat Limbang overging naar Sarawak. In 1906 werd er ter ondersteuning van de sultan van Brunei een Britse resident benoemd. Maar de echte redding kwam pas in 1929. Toen de Britten voor de zoveelste keer op het punt stonden de laatste brokjes van het eens zo machtige sultanaat op te heffen, ontdekte Shell aanzienlijke olievoorraden in de bodem van het rijkje.

Brunei tijdens de Tweede Wereldoorlog en daarna

Uiteraard werd ook Brunei tijdens de Tweede Wereldoorlog door de Japanners bezet. Toen de oorlog in 1945 voorbij was, werd het land opnieuw een Brits protectoraat. Ook de sultan nam de draad weer op en regeerde weer als een autocraat. Het moet wel gezegd worden dat een deel van de olie-inkomsten gebruikt werd voor het welzijn van de bevolking. Het land kreeg, en heeft nog steeds, uitstekende medische voorzieningen, die bovendien gratis zijn. Zowel ondernemers als consumenten kunnen gemakkelijk goedkope kredieten krijgen om een huis te bouwen of een auto aan te schaffen of om een bedrijf te financieren. De meeste diensten van de overheid zijn gratis en de bewoners van het staatje hoeven geen belastingen te betalen.

Pas in 1959 kondigde de sultan een soort grondwet af en werden er verkiezingen in het vooruitzicht gesteld voor het jaar 1962. Toen echter na de verkiezingen bleek dat de sultan niet van plan was om iets met de uitslag ervan te doen, kwam een groot aantal leden van de Partai Rakyat (de volkspartij), die bij de verkiezingen flink gewonnen hadden, in opstand. Deze rebellie werd echter door de aanwezige Britse troepen binnen de 24 uur moeiteloos neergeslagen. Onnodig te zeggen dat er van de democratisering van het land niets meer terecht kwam. Tot op de dag van vandaag heerst de sultan nog steeds als een autocraat. Van enige democratische instelling is hier geen sprake.

Pas in 1978 werden stappen ondernomen om Brunei volledig los te maken van Groot-Brittanië. Dit onder zware druk van de Britten die, als een 20e-eeuwse democratische natie, met het hele geval zwaar in hun maag zaten. Het resulteerde in 1983 inderdaad in de oprichting van een volledig onafhankelijke staat.