Waar in het zuiden van Chili de wegen ophouden onderhouden verschillende maatschappijen bootverbindingen tussen Puerto Montt (of Chiloé) en bestemmingen in Patagonië: Chaitén, Puerto Chacabuco, en Puerto Natales (zie onder betreffende plaatsen). De meeste ferryboten zijn gemengde vracht/passagiersschepen, en voor sommige verbindingen zijn maar weinig stoelen of cabins beschikbaar, zodat tijdig reserveren is aan te bevelen. Naast de ferryverbindingen zijn er ook een aantal toeristische cruiseschepen, die tochten maken door het eilanden- en fjordengebied van Zuid-Chili. De meeste van deze cruises zijn erg luxe en duur, enkele (kortere) excursies naar Laguna San Rafael zijn echter goedkoper.