In 1898 brak er oorlog uit tussen Spanje en de Verenigde Staten. Op 27 april van datzelfde jaar zette een Amerikaanse oorlogsvloot onder leiding van commandant George Dewey vanuit Mirs Bay bij Hongkong koers naar de Filippijnen. Enkele dagen later, op 1 mei 1898, versloegen de Amerikanen de Spaanse vloot in de Baai van Manila. Op grond van strategische overwegingen besloten de Amerikanen de Filippijnse onafhankelijkheidsstrijders te ondersteunen. De Filipino's riepen op 12 juni 1898 de onafhankelijkheid uit, maar ondertussen voerden de Spanjaarden en Amerikanen geheime onderhandelingen, welke er toe leidden dat in december 1898 de Filippijnen werden overgedragen aan de Verenigde Staten. In plaats van de toegezegde onafhankelijkheid kregen de Filipino's een nieuwe koloniale overheerser en werd Aguinaldo door de Amerikanen niet erkend als president van de revolutionaire regering. Er braken conflicten uit tussen de Filipino's en de Amerikanen. In 1901 werd Aguinaldo gevangengenomen en het jaar daarop kwam er een eind aan de Filippijns-Amerikaanse Oorlog welke circa 220.000 mensen (voor het grootste deel Filippijnse burgers) het leven heeft gekost. Bij hun verdere koloniale bewind gingen de Amerikanen zeer planmatig en doelgericht te werk. Belangrijke posities werden in handen gegeven van personen uit de bovenlaag van de Filippijnse bevolking, de zogenaamde 'illustrados'. Bovendien legden de Amerikanen zich er op toe verbeteringen aan te brengen in het onderwijs, de gezondheidszorg, het wegennet en het communicatiesysteem. Niettemin waren er ook wel problemen. In de jaren dertig van de 20e eeuw brak er plaatselijk oproer uit onder arme landarbeiders, vooral in de provincies noordelijk van Manila. De oorzaak hiervan vormden de scheefgegroeide verhoudingen in het landbezit, met aan de ene kant welvarende grootgrondbezitters en aan de andere kant landloze pachters. Deze situatie was nog een erfenis van het Spaanse 'economienda'-systeem. Dit kwam erop neer dat religieuze orden en bevoorrechte Spaans-Filippijnse mestizo's destijds de beschikking hadden gekregen over grote oppervlakten land en de opbrengsten daarvan mochten opeisen. De Amerikanen ondernamen pogingen in deze toestand veranderingen aan te brengen. Zo werd land dat oorspronkelijk in eigendom was van de katholieke kerk onteigend en verdeeld onder de bevolking. Hiervan profiteerden echter ook ten dele de grootgrondbezitters. Bovendien ontbrak het de kleine boeren aan voldoende krediet, zodat ze afhankelijk werden van plaatselijke uitbuiters en er uiteindelijk niet in slaagden hun positie te verbete-ren.
Mede doordat de Filipino's tijdens de eerste decennia van de 20e eeuw regelmatig hadden aangedrongen op onafhankelijkheid verkregen de Filippijnen op 15 november 1935 de gemenebest-status en werd Manuel L. Quezon beëdigd als president. De door het Congres van de Verenigde Staten aangenomen Philippine Independence Act schreef voor dat na een voorbereidingsperiode (1935-1946) de semi-autonome status plaats zou maken voor volledige onafhankelijkheid.