De belangrijke culturele ontwikkelingen welke plaatsvonden in Zuidoost-Azië (o.a. boeddhisme en hindoeïsme) hebben op de Filippijnen slechts beperkte invloed gehad. De vrij geïsoleerde geografische positie van de archipel heeft daar stellig toe bijgedragen. Voorzover er sprake was van cultuurinvloeden kwamen deze vooral tot stand dankzij ruilhandel. Handelscontacten vonden plaats met andere Maleise volkeren, maar ook op beperkte schaal met handelaren uit China en andere delen van het Aziatische vasteland. De eerste handelscontacten met Chinezen dateren van meer dan tweeduizend jaar geleden. Tijdens de Sung-dynastie (960-1276 na Chr.), toen China uitgroeide tot een zeemacht van betekenis, bereikten de Chinees-Filippijnse handelsbetrekkingen hun hoogtepunt. Chinese goederen zoals porselein, textiel en koperen en ijzeren gebruiksvoorwerpen werden geruild tegen parels, koraal, specerijen, goud en andere inheemse producten. Vanaf ongeveer de 13e eeuw ontstonden er ook permanente Chinese vestigingen op de Filippijnen, vooral in het noordelijk deel van de archipel, o.a. op Luzon (Liusung). De Chinezen hebben nooit daadwerkelijk pogingen ondernomen hun cultuur en leefwijze op de Filippijnen te verbreiden. Hun contacten met de inheemse bevolking bleven voornamelijk beperkt tot activiteiten op economisch gebied.
De kooplieden die vanuit het westen en zuidwesten (vooral via Borneo) de Filippijnen bezochten met hun vaartuigen droegen er toe bij dat cultuurverschijnselen vanuit Voor- en Achter-Indië tot in het gebied doordrongen. Ook Maleise immigranten die zich blijvend gingen vestigen op de eilanden speelden hierbij een belangrijke rol. Onder andere de lokale, animistische religie onderging bepaalde invloeden. Hiervan getuigen bijvoorbeeld de beeldjes van hindoe-goden welke gevonden zijn op de eilanden Mindanao en Cebu. Van een diepgaande hindoeïstische of boeddhistische beïnvloeding was echter geen sprake, doordat de Filippijnen grotendeels buiten het machtsbereik bleven van respectievelijk het Criwidjaja-rijk (ca. 7e-13e eeuw na Chr.) dat Palembang op Sumatra als centrum had en het Javaanse rijk Madjapahit (eind 13e-15e eeuw na Chr.). Indrukwekkende hindoeïstische en boeddhistische bouwwerken, welke zo typerend zijn voor bepaalde Aziatische landen, ontbreken dan ook op de Filippijnen.
In de 15e eeuw kreeg de islam vaste voet in de Indonesische archipel. Uiteindelijk behield alleen het eiland Bali zijn hindoeïstische status. Vanuit Borneo drong de islamitische leer door op de Sulu-eilanden. Een belangrijk moment in de islamisering van de zuidelijke Filippijnen vormde het in 1475 gesloten huwelijk tussen de invloedrijke inheemse prinses Putri Tunoma en de Moslim-leider Sharif Mohammed Kabungsuwan. Hij stichtte op Mindanao het sultanaat Maguindanao. In de 16e eeuw was de islam doorgedrongen tot in Luzon, maar de komst van de Spanjaarden deed het tij keren. Een gedeelte van het geïslamiseerde gebied moest weer worden prijsgegeven. De sultanaten in het zuiden boden echter hevige weerstand tegen respectievelijk de Spaanse en Amerikaanse overheersers en later ook tegen de Filippijnse regering. Heden ten dage vormen de Sulu-archipel en delen van Mindanao en Palawan nog belangrijke islamitische bolwerken op de Filippijnen.