Malta is bij uitstek een bestemming voor wie wil snorkelen of duiken. Het water rond de eilanden is verrassend helder. Een populaire en veilige duiklocatie op het hoofdeiland is Blue Grotto aan de zuidkust. Ook in de baaien 3 à 4 km naar het westen wordt veel gedoken.

Langs de hele kustlijn van Gozo zijn baaien waar kan worden gedoken. Maar het populairst bij sportduikers is Comino vanwege het ongekend heldere water in de lagunes rondom het eiland met hun adembenemende onderwaterleven. De befaamde Blue Lagoon aan de westkust is daar het toeristische uithangbord van.

In vrijwel alle toeristenplaatsen langs de kust kan duikapparatuur worden gehuurd en zijn duikscholen.

Malta kent geen getijden en dus ook geen gevaarlijke stromingen. Gevaarlijke vissen komen er ook niet voor, behalve sporadisch in de wintermaanden.