Bij zijn volgelingen gold een gelijkheid tussen mannen en vrouwen en men onthield zich van het eten van vlees. Pythagoras en zijn aanhangers hadden grote invloed op het openbare en politieke leven in die tijd en stuitten daarbij ook op krachtig verzet. Pythagoras moest vluchten uit Kroton en vestigde zich toen in Metapontum waar hij een nieuwe school voor filosofen stichtte. In Metapontum heeft hij tot aan zijn dood gewoond en is waarschijnlijk is begraven in de tempel van Apollo.

Hij geloofde in ‘zielsverhuizing’ waarbij de ‘ziel’ steeds opnieuw in een andere gedaante kon terugkeren, ook als dier, daarom at hij geen vlees. Hij streefde naar harmonie en reinheid van de ziel, wat volgens hem bevorderd kon worden door kennis van getalsverhoudingen. Volgens oude bronnen was Pythagoras de eerste die zichzelf filosoof noemde. Philia betekent vriendschap en sophia wijsheid. Filosoof had in die tijd de betekenis van ‘een liefhebber van de wijsheid’. Pythagoras ging op zoek naar de waarheid en was niet tevreden met vage verwijzingen naar de godenwereld. Daarom ging hij op zoek met behulp van wiskunde, natuurkunde, sterrenkunde, biologie, geneeskunde en muziek naar zijn eigen wijsheid. De wijsheid waar hij naar zocht was de essentie van verschijnselen, het oerbeginsel. Volgens Plato (427-347) was de fundamentele vraag van de filosofie ‘wat is het?’. Met deze vraag hield ook Pythagoras zich bezig.

De stelling van Pythagoras is waarschijnlijk de bekendste stelling in de wiskunde. Zijn stelling was overigens alleen maar nieuw voor de Grieken, in Babylonië was de stelling al langer bekend.