Op de plaats waar nu de basiliek staat, schijnt een Indiaan in 1595 een visioen gehad te hebben van een donkere Christus. Aan de beeldhouwer Quirio Cataño werd gevraagd een beeld te maken van deze Christus zodat het beeld in donkerbruin hout uitgevoerd werd. Het is niet duidelijk wie de opdracht gegeven heeft. Het zouden de Spanjaarden kunnen zijn die op die manier de Indianen tevreden trachtten te houden, nadat ze in opstand waren gekomen, omdat zij hun eigen religie niet mochten behouden. De Spanjaarden dachten misschien dat de Indianen gevoeliger zouden zijn voor een Zwarte Christus als plaatsvervanger van hun eigen goden.

Er werd in eerste instantie een kleine kapel, de Calvario, gebouwd voor de Zwarte Christus, die steeds bekender werd vanwege de genezing van ziektes. Nadat aartsbisschop Pedro Pardo de Figueroa in 1737 van een besmettelijke ziekte genas na een bezoek aan het beeld, gaf hij de opdracht tot de bouw van een imposante basilica (basiliek). Het beeld werd in 1758 naar deze kerk verplaatst. Pardo is begraven aan de voet van het hoofdaltaar en zijn portret hangt in de kerk.

De basilica heeft een massief, gedrongen architectuur en is zo ontworpen om tegen aardbevingen bestand te zijn, wat tot op heden gelukt is. De barokke façade is met zuilen en bogen versierd en er zijn eveneens mudejar-motieven in verwerkt.

‘s Avonds, als de basiliek verlicht wordt, is zij op het mooist. Het interieur is eveneens indrukwek kend. Vele zilveren kandelaars, die geschenken zijn van rijke pelgrims, versieren het enorme schip. Eenvoudige pelgrims hebben ‘votos’, miniatuurafbeeldingen van ledematen of andere zaken in goud, zilver, hout of was, achtergelaten als dankzegging. De genezingen worden ook in beeld gebracht door primitieve tekeningen die gelovigen hebben opgehangen. Veel pelgrims leggen de weg naar het wonderbaarlijke beeld op hun knieën af. Dan kussen zij het beeld en lopen achterwaarts terug.

Esquipulas laat zich, net als Lourdes, van twee kanten zien: de religieuze en de commerciële kant. Er is een levendige handel in zakjes porseleinaarde, die ‘heilige aarde’ wordt genoemd en een genezende werking zou hebben. Aan de overkant van de basiliek bevinden zich vele verkopers op het trottoir die allerhande producten aanbieden, waaronder strooien hoeden met nepbloemen, hét symbool van pelgrims die de Zwarte Christus bezocht hebben. Vroeger waren deze hoeden versierd met grijs mos en kalebassen. Hier zijn ook vele bars en restaurants. Zo wordt het religieuze met het aangename verenigd. Esquipulas is niet alleen een vroom religieus centrum voor Guatemalanen, maar ook voor veel inwoners van de buurlanden. De belangrijkste fiesta vindt plaats op 15 januari, dan komen duizenden pelgrims uit heel Midden-Amerika met bussen naar deze plaats, maar eigenlijk is het er het hele jaar druk.