De archipel is van vulkanische oorsprong en vormt een onderdeel van een groot lavaplateau dat zich hier op de oceaanbodem bevindt. Er is nog een actief fumarolenveld en er zijn nog twee jonge kraters: Mount Saint Alouarn en Mount Henry Rallier du Baty.

De kust van Grande Terre is ruig met fjorden die zeer diep het binnenland insnijden. Het hoogste punt is Mount Ross (1850 m) in het Galliëni Massief op het schiereiland van Grande Terre. De berg heeft nog de typische vorm van een vulkaankegel. Er zijn ijskappen op het schiereiland Rallier du Baty en in het centrale deel van het westen. Hier ligt de Cookgletsjer die circa 550 km2 bestrijkt. Vanaf de ijskappen lopen diverse smeltwaterstromen diepe valleien in. In het oosten eindigen de rivieren in een groot moeraslandschap. Over het algemeen domineren ook hier het stekelnootje, boendergras, dubbelloof en Kerguelenkool. Endemisch is Lyallia kerguelensis dat samen met Azorella selago op drogere, rotsachtige bodem groeit.

De archipel is in 1772 ontdekt door de Franse kapitein Kerguélen-Trémarec. De man dacht een schiereiland van het Antarctische continent te hebben ontdekt. Bij terugkomst in Frankrijk fantaseerde hij rijkelijk een eldorado bij elkaar. Enthousiast geworden door de prachtige verhalen zond de toenmalige Franse koning Louis XV, Kerguélen op een tweede missie met drie schepen en 700 man om de eilanden te koloniseren. Groot was de teleurstelling toen de waarheid over de eilanden boven water kwam. Op de terugweg leden veel manschappen aan scheurbuik. En dat terwijl het Grande Terre rijk is aan Kerguelenkool, waarmee men de ziekte had kunnen voorkomen. Koning Louis XV was niet blij men deze misleiding en veroordeelde de kapitein tot 25 jaar gevangenis. Hij werd echter vrijgelaten tijdens de Franse Revolutie, waardoor hij maar vijf jaar heeft uitgezeten.

Zoals ook op de andere subantarctische eilanden duurde het niet lang voor de eerste pelsjagers arriveerden. Zij zagen kans om tussen 1791 en 1817 alle pelsrobben te vangen en af te slachten. Inmiddels was het onder de jagers algemeen bekend geworden dat de zeeolifanten een dikke laag spek bezaten die uitgekookt kon worden tot traan die van goede kwaliteit was. Ook de bij de eilanden rondzwemmende walvissen moesten het ontgelden.

In 1893 werden de eilanden officieel door Frankrijk geannexeerd. Als onderdeel van een kolonisatieproject startten de gebroeders Bossière in 1908 een schapenfokprogramma, dat totaal mislukte. Vervolgens ging men over op de walvisvaart, maar ook dat liep op niets uit. Hiermee eindigde in 1925 de pogingen om Grande Terre te koloniseren. Met grote tussenpozen werd er tot 1960 nog wel op walvissen gejaagd.

De eerste wetenschappelijke missie die werd uitgevoerd op Grande Terre was er een uit een onverwachte hoek. Een gecombineerde Amerikaanse, Britse en Duitse missie bezocht het eiland om Venus langs de zon te zien passeren.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd Grande Terre zwaar bewaakt. Het onherbergzame landschap en de diepe fjorden maakten het eiland tot een perfecte schuilplaats voor Duitse onderzeeboten. Voor en na de oorlog onderzocht de Franse geoloog Aubert de la Rue het eiland op zowel geologisch als geografisch gebied. Ook flora had zijn interesse en werkend in het veld nam hij meteen de vegetatie in zijn onderzoek mee.

Nu is er een onderzoeksstation bij Port-aux-Français aan de Golf van Morbihan. Tussen 70 en 120 man werken hier het gehele jaar aan allerlei onderzoek.

Er leven circa 300.000 paar koningspinguïns verspreid over een aantal grote kolonies (vooral Ratmanof op het schiereiland Courbet). ezelspinguïns komen verspreid over de gehele archipel voor. Met bijna 2 miljoen in circa 40 kolonies is de macaronipinguïn de talrijkste. De rotsspringer broedt voor het overgrote deel op het Courbetschiereiland.

Verschillende albatrossen en andere stormvogelachtigen broeden in kleinere en grote kolonies. Het Wilsons stormvogeltje met circa een half miljoen paar en het alkstormvogeltje spant de kroon met aantallen rond de 3 miljoen paar. Het kleine ijshoen en de, met uitsterven bedreigde, Eatons pijlstaart komen voor op het Courbetschiereiland.

Inmiddels zijn de Antarctische pelsrob en zuidelijke zeeolifant weer in groeiende aantallen aanwezig. Regelmatig worden er zeeluipaarden waargenomen rond de eilanden.

Vanwege het voedselrijke water in en rondom de archipel worden hier vaak walvissen gezien. Van de grootste (de blauwe vinvis) tot de kleinste (de Commersons dolfijn).