Sinds 1550 is de bouwwijze van kerken en kloosters gedurende vier eeuwen dezelfde gebleven. De Spaanse architecten werden geholpen door Mexicaanse handwerkslieden. De gebouwen hebben dikke muren en men gebruikte rijen bakstenen. Vooral gewelven en koepels werden alleen van bakstenen gemaakt en ze werden aan de binnen- en buitenkant met een pleisterlaag bedekt. Er zijn weinig gebouwen uit de 16e eeuw behouden gebleven vanwege de grote aardbeving van 1651. In 1717 was er weer een aardbeving die zware schade toebracht aan de weer opgerichte en nieuwe gebouwen. Maar de buitenmuren bleven voor het grootste deel overeind. Deze ruïnes, die gebouwd zijn in de koloniale barokstijl, zijn tegenwoordig nog heel duidelijk in het straatbeeld van Antigua aanwezig.

De architectuur wordt gekenmerkt door een lage, korte gedrongen bouw waardoor de gebouwen de aardbevingen zouden kunnen weerstaan. Zwierige versieringen in het pleisterwerk van de façades en muren in de Churriguerrastijl zorgden voor afwisseling. Zo versierden wijnranken, bloemmotieven en cannelures op zuilen de façades van vele kerken en kloosters, terwijl daarin ook heiligenbeelden werden opgenomen. Het grondplan van de meeste kerken is gebaseerd op een rechthoek bestaande uit een hoofdbeuk met of zonder zijbeuken. Van de versieringen in het interieur van de gebouwen is bijna niets meer over.

Helaas bleek de speciale bouw tegen instortingen uiteindelijk toch niet afdoende en veranderden de meeste koloniale gebouwen in ruïnes.