De eilanden zijn op 23 januari 1772 ontdekt door de Fransman Marc Macé Marion du Fresne. Begin 19e eeuw volgden robbenjagers. Tegen 1835 waren bijna alle pelsrobben en zeeolifanten verdwenen en verlegde men de aandacht naar de walvissen. In het midden van de 19e eeuw waren het vooral de Amerikaanse walvisvaarders die rond de eilanden op jacht gingen. In 1955 kwamen de eilanden tezamen met Saint Paul, Amsterdam, Kergueleneilanden en Terre Adélie op Antarctica onder de ‘Terres Australes et Antarctiques Françaises’. In 1978 werd er nog eens een 370 km zone aan toegevoegd om overbevissing door onder andere Rusland en Taiwan te voorkomen. Later is er een onderzoeksstation op Possession gebouwd. Inmiddels hebben alle eilanden de status van beschermd natuurgebied gekregen.

Ook deze archipel heeft typisch subantarctisch weer: veel regen, veel wind en een temperatuur van enkele graden boven het vriespunt. Possession is het grootste eiland (145 km2). Het eiland heeft hoge kliffen aan zee en groene heuvels en valleien in het binnenland. Est is rotsachtig met richels en pieken langs brede valleien en rivieren. De hoogste berg ligt op Est, de Pic Marion Dufresne met 1090 m. Cochons is een vulkaankegel.

De meeste eilanden zijn aan de kust begroeid met boendergras en zwaardgras. Het binnenland is begroeid met kleinere grassen, Antarctische smele, stekelnootje (Aceana magellanica) en dubbelloofvaren (Blechnum penna-marina).

De helft van de wereldpopulatie koningspinguïns broedt op de Crozeteilanden (1 miljoen paar). Ook de andere pinguïns zijn goed vertegenwoordigd met 3 miljoen macaronipinguïns, 260.000 paar rotsspringers en 10.000 paar ezelspinguïns. Verder broeden hier onder andere de reuzenalbatros, de wenkbrauwalbatros, de grijskop- en geelsnavel albatros, het kleine ijshoen, de subantarctische grote jager, de salvins prion (100.000 paar)en de duifprion (200.000 paar).

Bijzonder zijn de Crozetaalscholver, die alleen hier en op Prince Edward voorkomt, en de Eatons pijlstaart die alleen op de Crozet- en Kergueleneilanden voorkomt.

Langs de stranden en op de rotsen zijn zuidelijke zeeolifanten, Antarctische en subantarctische pelsrobben te vinden. Geïntroduceerde varkens, konijnen, muizen en geiten hebben een groot deel van de vegetatie verwoest. Katten en ratten hebben de vogels sterk gedecimeerd.