De ontdekking van de eilanden is een geschiedenis op zich. In het scheepslogboek van het Nederlandse schip Maerseveen wordt bij 4 maart 1663 reeds melding gemaakt van de eilanden. Het schip was, onder gezag van Barent Barentszoon Lam, op weg naar Oost-Indië. De positie was niet goed opgenomen waardoor latere schepen de eilanden niet meer terug konden vinden. De Fransman Marion du Fresne nam op 13 januari 1772 de eilanden waar, maar zag de albatrossen aan voor schapen. Hij maakte van de waarneming slechts een kleine notitie in het logboek. In december 1776 herontdekte Cook de eilanden. Ook hij ging niet aan land op de eilanden, maar bracht ze in kaart en gaf ze de naam Prince Edwardeilanden.

De eersten die daadwerkelijk aan land kwamen waren pels- en robbenjagers in 1803. Ze noemden het grootste eiland Marion. Net als op alle andere subantarctische eilanden werd ook hier in de 19e en 20e eeuw flink huisgehouden onder de pelsrobben en de zeeolifanten. De jagers kwamen uit Amerika, Noorwegen, Frankrijk en Engeland.

In 1908 meende de Britse overheid zich voldoende eigenaar van de eilanden te kunnen noemen om vergunningen voor de exploitatie van grondstoffen, guano en dieren te kunnen uitgeven. Zo kreeg tussen 1926 en 1930 de Kerguelen Sealing & Whaling Co. een vergunning voor het jagen op pelsrobben, zeeolifanten en walvissen en het exploiteren van guano en andere mineralen die zich op de eilanden zouden bevinden.

In 1947 kwam in het Zuid-Afrikaanse parlement het idee naar voren om de Prince Edwardeilanden uit hun isolatie te halen en ze te annexeren. Er werd een geheime missie op touw gezet die bekend is geworden onder de naam Operation Snoektown. Op 4 januari 1948 hees men de Zuid-Afrikaanse vlag op Marion. De eilanden zijn nooit echt door mensen bewoond geweest. Er is slechts een onderzoeksstation op Marion dat het gehele jaar door bemand is.

Marion

Marion is heuvelachtig met veel meren, is 290 km2 groot en heeft als hoogste punt State President Swart Peak (1230 m). Van de grote ijskap die eens het eiland bedekt moet hebben, is nog een klein deel over, maar het wordt nog steeds het IJsplateau genoemd. Het eiland ligt op 56°54'Z 37°44'O. De laatste vulkaanuitbarsting heeft in 1980 plaatsgevonden. In het landschap is veel oude grijze lava en jongere zwarte lava te zien. Het is een ruig landschap met hoge kliffen, zoals een 400 m hoge klif die achter de kustlijn loopt. Sommige delen hebben zelfs namen zoals de Stony Ridge en Skua Ridge.

Prince Edward

Prince Edward (46°38'Z 37°56'O) is meer een verheven plateau. Het is slechts 45 km2 groot en het hoogste punt is 672 m. Aan de zuidwestkust zijn kliffen van bijna 500 m hoog.

Langs de kust groeit boendergras en een soort mosvaren (Cotula plumosa). Op vochtigere plaatsen groeit een soort struisgras (Agrostis magellanica). In veenachtige gedeelten komen voornamelijk russen en levermossen voor. Er komen in totaal circa 40 hogere planten (geen enkele endemisch) en meer dan 200 mossen, levermossen en korstmossen voor.

Beide eilanden zijn broedplaatsen van onder andere de koningspinguïn (100.000 paar), de macaronipinguïn (200.000 paar), de rotsspringer (80.000 paar), de reuzenalbatros, de geelneusalbatros (alleen op Prince Edward), de grijskopalbatros, de roetkopalbatros en de zwarte albatros, de noordelijke en de zuidelijke reuzenstormvogel, het kleine ijshoen en diverse prions, pijlstormvogels en alkstormvogels. Enkele vogels uit het hoge noorden overwinteren hier zoals de kleine jager en de vorkstaartmeeuw.

Na de slachting onder de zeezoogdieren zijn er nu weer subantarctische en Antarctische pelsrobben in grote aantallen. De zuidelijke zeeolifant heeft meer moeite met herstellen, er is slechts een kleine kolonie van circa 1000 dieren. Langs de kusten komen regelmatig orka’s voor. In het voor- en najaar trekken grienden, zuidkapers en bultruggen voorbij.

Van de geïntroduceerde zoogdieren is alleen de huismuis nog over. Zelfs ratten, konijnen en katten heeft men uiteindelijk kunnen verwijderen. Geïntroduceerde insecten zijn moeilijker te bestrijden. Zo heeft een mot bijna alle Kerguelenkool vernietigd.