In het verleden (en sporadisch vandaag de dag) hebben aardverschuivingen en vulkaanuitbarstingen het bergmassief gevormd waaruit Cuba in feite bestaat. Het land is een onderdeel van een bijna zevenmaal zo groot stuk aardkorst die voor het grootste gedeelte onder water ligt en waar men tevens riffen en troggen aantreft. Het diepste gedeelte ligt voor de kust bij Santiago de Cuba. De trog heet Fosa de Oriente en is ruim zeven kilometer diep. Verantwoordelijk voor deze hoogte- (of zo u wilt diepte)verschillen is de zg. Cayman Trench, een breuklijn in de aardkorst tussen de Caribische Zee en de Golf van Mexico.

In de kustwateren treft men veel koraal aan, een lustoord voor duikers en snorkelaars. De Cubaanse bodem bestaat overwegend uit poreuze kalksteen. Als gevolg van een chemische reactie tussen regenwater en kalk ‘slijt’ de bodem en vormen zich spleten, grotten en druipsteenformaties. Sommige kalksteensoorten slijten minder snel dan andere. Het gevolg hiervan is dat, met name in de provincie Pinar del Río, vreemde platte bergen ontstonden, ‘mogotes’, die ooit als steunpilaren deel uitmaakten van hoger gelegen grottenstelsels.

De overkappingen verdwenen als gevolg van verdergaande erosie, de mogotes bleven staan. Eronder bevinden zich vaak later gevormde grotten, gangen en onderaardse meren. Het langste grottenstelsel bevindt zich op het schiereiland Zapata nabij Santo Tomás, de Gran Caverna, met een lengte van 45 kilometer. De meest bezochte grot bevindt zich in de Viñales vallei: de Cueva del Indio.

Vanuit zee is het land niet overal gemakkelijk te benaderen. Het zijn niet alleen de riffen die een natuurlijke barrière vormen, de kust zélf zorgt ook voor de nodige hindernissen. Op veel plaatsen rijzen de kalksteenrotsen recht uit zee, elders vindt men uitgestrekte mangrove moerassen op zijn weg. Natuurlijk kent Cuba ook zandstranden. In vergelijking met de lengte van de kustlijn, zo’n 5700 kilometer, vormen die echter een minderheid. Cuba telt ongeveer 300 kilometer natuurlijk zandstrand.