In de moerassen treffen we krokodillen aan, waarvan de met uitsterving bedreigde Cubaanse krokodil de interessantste is. Deze leeft in zoet water en is niet bedreigd vanwege de jacht die er op gemaakt wordt, maar vanwege de vermenging met andere krokodillensoorten. Op enkele krokodillenfarms wordt geprobeerd om de Cubaanse krokodil van de ondergang te redden.

De hubita is al even zeldzaam. Het is een roodogige leguaan, die alleen nog voorkomt aan de zuidelijke kusten van Cuba (en op de Caymaneilanden). Hier treft men ook diverse schildpadsoorten aan. De sapito mag eveneens niet onvermeld blijven, het is de kleinste kikkersoort ter wereld en wordt slechts 1 centimeter ‘groot’. Op Cuba leven ook verschillende slangensoorten. Er bevinden zich geen giftige exemplaren onder, maar er zijn er een paar bij die drie tot vier meter lang worden.

Vogels zijn er in een grote verscheidenheid. Bijna 370 verschillende soorten werden er tot nu toe geteld. Hieronder vindt men de al eveneens kleinste soort ter wereld: de zunzuncito, kortweg zunzun. Het is een kolibrie die van het puntje van de snavel tot het einde van zijn staart ongeveer 4,5 centimeter lang is. Met een gewicht van nauwelijks twee gram vraag je je af waar dit vogeltje de energie vandaan haalt om zo luidruchtig te zijn. Helaas neemt ook het aantal hiervan nog steeds af. De vogel leeft uitsluitend in dichte bebossing, waarvan op Cuba steeds minder over blijft.

De nationale vogel is de Cubaanse trogon (Priotelus temnurus), beter bekend als tocororo naar het geluid dat hij voortbrengt, die ook graag in bossen huist. Zijn kleuren, rood, wit en blauw zijn dezelfde als die van de Cubaanse vlag. Verder treft u er flamingo’s, pelikanen, uilen, gieren en meeuwen aan.

Veel van de op Cuba voorkomende vogels zijn er maar een gedeelte van het jaar. Ze gebruiken het land, en dan met name het Zapata schiereiland, als rustplaats op hun trektocht van Noord- naar Zuid-Amerika.

Verder: slakken, waaronder zeer kleurrijke exemplaren, vooral in het berggebied van oostelijk Cuba; weekdieren, ongeveer 4000 verschillende soorten; bijna 1000 vissoorten, waaronder haaien en zwaardvissen en niet te vergeten tropische vissen die de koraalriffen bewonen en van een wonderlijke schoonheid zijn; insecten, jazeker bereid u er zich op voor, er is er onder de 7000 soorten een aantal die graag op een mens plaatsneemt.

Vaststaat dat nog veel plant- en diersoorten op Cuba met verdwijnen of uitsterven bedreigd worden. Op de officiële lijst van de Verenigde Naties komen meer dan 200 soorten planten en dieren voor.