De riffen vormen het leefgebied voor talloze diersoorten. Vooral opvallend zijn de in vele soorten voorkomende en vaak zeer fraai gekleurde vissen. De verschillende soorten koraalvlinders (Chaetodontidae) kunnen stellig gerekend worden tot de mooiste rifvissen. Vele hebben een spitse, vooruitstekende bek die hen in staat stelt voedsel te bemachtigen tussen lastig toegankelijke koraaltakken. Markante verschijningen zijn de tot de familie van de schorpioenvissen (Scorpaenidae) behorende koraalduivels (geslacht Pterois). Zowel het lichaam als de vinnen van deze dieren zijn voorzien van een dwarse bandering met roodbruine en witte strepen. De vinstralen van rug- en borstvinnen zijn sterk verlengd en geven deze vissen een indrukwekkend uiterlijk. Niet ten onrechte overigens, want de puntige uiteinden zijn giftig. De verwante steenvissen (Synancejidae) zijn nog aanzienlijk giftiger. Ze liggen overdag meestal stil op de bodem, waar ze dankzij hun camouflagetekening moeilijk te onderscheiden zijn. Het is daarom raadzaam tijdens het zwemmen en snorkelen de voeten steeds goed te beschermen met gymschoenen of stevige, ook de hiel omsluitende zwemvliezen. Trouwens, men moet over het algemeen vermijden om met de voeten te steunen op koraalkolonies want sommige soorten zijn vrij breekbaar en de groei van koralen verloopt betrekkelijk langzaam. Nogal komisch aandoende rifbewoners zijn de koffervissen (Ostraciontidae). Hun lichaam is omgeven door een onbeweeglijk pantser, waarin alleen uitsparingen aanwezig zijn ten behoeve van de vinnen en de noodzakelijke lichaamsopeningen. Voor de voortbeweging worden vooral de borstvinnen gebruikt, terwijl de beweeglijke staartvin dienstdoet als roer. Een groep die zich ook onderscheidt door een opvallende lichaamsvorm is de familie van de trekkervissen (Balistidae). Ongeveer een derde van het lichaam van deze vissen wordt in beslag genomen door een geweldige kop. In verhouding heeft de mond slechts bescheiden afmetingen, maar het gebit is verrassend sterk. De stevige tanden worden gebruikt om harde prooidieren mee te kraken. De trekkervissen danken hun naam aan de scharnierende dubbele rugstekel die doet denken aan een geweertrekker. Ook de papegaaivissen (Scaridae) beschikken over een stevig gebit. Zij knagen stukken koraal uit het rif. Hun bek doet enigszins denken aan een snavel van een papegaai. De stukken koraal worden in de bek fijngemalen en het geluid dat de dieren daarbij maken is onder water goed hoorbaar. De familie Pomacentridae (rifbaarzen en anemoonvissen) wordt vertegenwoordigd door een groot aantal soorten, waarvan er vele aangeduid worden als 'juffertjes'. Deze juffertjes zijn klein van stuk (meestal 5-10 cm) en komen algemeen voor. Vaak ziet men ze in scholen tussen de koraalkolonies zwemmen. De kleuren kunnen van soort tot soort nogal variëren. Bij vrij veel soorten heeft blauw de boventoon. Verscheidene soorten van het geslacht Dascyllus hebben enkele brede zwarte en witte dwarsbanden over het lichaam, waardoor ze eruitzien als visjes in gevangenistenue. De fraaie anemoonvisjes (geslacht Amphiprion) hebben eveneens brede dwarsbanden over het lichaam, maar bij hen worden de witte banden gewoonlijk afgewisseld door oranjekleurige banden. Zoals hun naam aangeeft leven ze in de nabijheid van zeeanemonen.

Interessante dieren die men af en toe tijdens een rifverkenning kan tegenkomen zijn octopussen (Octopodidae). Deze solitair levende, achtarmige inktvissen houden zich vaak schuil in holten vanwaar ze hun niets vermoedende prooidieren (vooral kreeftachtigen en kleine vissen) verrassen. Stekelhuidige dieren (Echinodermata) zijn altijd algemeen op en nabij koraalriffen. Men vindt er vertegenwoordigers van zowel de zeelelies (Crinoidea), slangsterren (Ophiuroidea), zeesterren (Asteroidea), zeeegels (Echinoidea) als zeekomkommers (Holothuroidea). Het aanraken van de venijnige stekels van zeeëgels is een pijnlijke ervaring. Doordat deze dieren plaatselijk erg talrijk kunnen zijn is een ongewild contact echter niet altijd te vermijden. Ook de doornenkroonzeester (Acanthaster planci) kan men het best ongemoeid laten. Aanraking van dit dier wordt gestraft met een vaak dagenlang aanhoudende pijn. De doornenkroon heeft zich vanaf het begin van de jaren zestig van de 20e eeuw sterk uitgebreid in het westelijk deel van de Grote Oceaan en is ook op de Filippijnen steeds algemener geworden. Doordat deze soort zich voedt met koraal kan hij als er sprake is van massale aantallen een reële bedreiging vormen voor een rif. Ook menselijke activiteiten kunnen een ernstige bedreiging vormen. Veel riffen, vooral in de dichter bevolkte delen van de archipel, zijn hierdoor reeds sterk verarmd.

Tot de schadelijke menselijke invloeden kunnen onder andere gerekend worden: het verzamelen van koraal voor commerciële doeleinden, versterkte slibafvoer door rivieren als gevolg van ontbossing, watervervuiling met pesticiden en dergelijke, illegale dynamietvisserij en 'moroami'-visserij. Met 'moroami' wordt een groot visnet bedoeld dat men tegenover een rif plaatst. Vervolgens laten enkele tientallen tot soms meer dan honderd, vaak zeer jeugdige vissers grote keien of gewichten op het rif vallen zodat de vissen in het net gedreven worden. Als gevolg van deze activiteit worden ook her en der stukken koraal beschadigd. Gelukkig zijn er op sommige plaatsen nog riffen die in een redelijke tot goede staat verkeren. Dergelijke riffen kan men vooral vinden in de afgelegen kustgebieden. Ver van de kust afgelegen en nauwelijks bezochte riffen als het Apo Rif ten westen van Mindoro en het Tubbataha Rif midden in de Suluzee gelden als ware duikerparadijzen.