Met een oppervlakte van maar liefst 360 km2 is dit het grootste beschermde natuurgebied op de Filippijnen. Het omvat een deel van het ruige, nog amper ontsloten berggebied van de Sierra Madre. Dankzij het ontoegankelijke karakter van deze bergstreek zijn er tot dusver nauwelijks wegen aangelegd. Relatief uitgestrekte delen van het rijk beboste bergland bevinden zich nog in min of meer originele toestand. Pas in 1997 kreeg het gebied een beschermde status. De biologische rijkdom van de Sierra Madre is enorm. De laatste jaren vindt er in toenemende mate wetenschappelijk onderzoek plaats, onder andere door biologen van de Universiteit van Leiden. Uit het onderzoek is gebleken dat het gebied van zeer grote betekenis is voor het behoud van een groot aantal zeldzame soorten planten en dieren. Zo heeft men onder andere vastgesteld dat zich hier nog een populatie bevindt van de endemische Filippijnse zoetwaterkrokodil (Crocodylus mindorensis).

Mt. Pulag National Park (Benguet, Luzon)

Mt. Pulag (2930 m; voorheen veelal aangeduid als Mt. Pulog) is de hoogste berg van het eiland Luzon. In 1987 werd het gebied (115 km2) uitgeroepen tot nationaal park. De lager gelegen delen zijn plaatselijk begroeid met de voor deze streek karakteristieke dennenbossen (Pinus insularis). Op grotere hoogte zijn de hellingen bedekt met een vegetatie van knoestige loofbomen (vooral Filippijnse eiken), struiken, mossen, varens en verschillende grassoorten (waaronder dwergbamboe). Planten als boterbloemen, gentianen en edelweiss accentueren het alpiene karakter van de bergweiden. In het westelijk deel van het gebied bevinden zich historische begraafplaatsen van de Ibaloi-bergstam.

Bataan Natural Park (Bataan, Luzon)

Dit gebied (237 km2) omvat het noordwestelijk deel van het schiereiland Bataan. Een groot deel van het reservaat wordt ingenomen door de oude vulkaankrater van Mt. Natib (1253 m). De krater heeft een omvang van circa 7,5 x 5,5 km. De begroeiing bestaat vooral uit primair laaglandregenwoud en gedeeltelijk ook uit secundair bos. Tot de zoogdieren die in het parkgebied voorkomen behoren onder andere apen, wilde zwijnen, vliegende honden en enkele endemische rattensoorten. Er komen ook veel interessante vogelsoorten voor, zoals het fraaie bloedendhartduifje (met zijn opvallende bloedrode borstvlek), de rode neushoornvogel en de Filippijnse slangenarend. Aan de noordwestkant van het Bataan Natural Park ligt het 100 km2 grote Subic Watershed Forest Reserve (provincies Bataan en Zambales). De regenwouden van beide natuurgebieden vormen een aaneengesloten geheel.

Mt. Makiling Forest Reserve (Laguna/Batangas, Luzon)

Dankzij de gemakkelijke toegankelijkheid is dit 4200 hectare grote reservaat een van de meest bestudeerde natuurgebieden van de archipel. Het is een favoriete excursiebestemming voor vogelliefhebbers. In de hellingbossen van de inactieve vulkaan Mount Makiling (1144 m) heeft men circa 240 soorten vogels vastgesteld. Bijna de helft daarvan betreft endemische soorten!

Quezon National Park (Quezon, Luzon)

Regenwoudreservaat van 985 hectare. Door het reservaat loopt een kronkelende weg vanwaar men het gevarieerde plantenleven kan bekijken. Tot de dieren die men in het gebied kan waarnemen behoren apen, varanen en talloze vogelsoorten. Hoewel de spectaculaire neushoornvogels hier nog wel voorkomen heeft men meer kans op een ontmoeting met gewonere soorten als de door zijn opvallende en luidruchtige gedrag gemakkelijk observeerbare coleto (een beo-achtige vogel met een kale, rozegekleurde kophuid). Een kennismaking met een 'ornithologisch juweel' als de ruigkuifkoekoek (met zijn merkwaardige krullerige, oranje kuifveren) behoort echter ook tot de mogelijkheden.

Mt. Isarog National Park (Camarines Sur, Luzon)

De rustende vulkaan Mt. Isarog (1976 m) domineert het landschap in dit gebied. De fauna van het 101 km2 grote reservaat omvat o.a. apen, wilde zwijnen en talloze interessante vogelsoorten, waarvan een aantal endemisch voor Luzon. Een speciaal excursiedoel voor bergwandelaars vormen de watervallen (Malabsay Falls) in het park. Het gebied kan het best bereikt worden via het Ranger Station bij het dorpje Panicuasan op de westelijke flank van Mt. Isarog.

Mt. Mayon National Park (Albay, Luzon)

Dit 55 km2 grote reservaat omvat de hogere hellingen van de 2421 m hoge Mayon Vulkaan, beroemd vanwege zijn vrijwel perfecte kegelvorm. In de hellingbossen (vooral secundaire jungle) leven onder andere apen, herten en wilde zwijnen. In verband met het onvoorspelbare karakter van de nog steeds actieve Mt. Mayon dient men voor een eventuele beklimming eerst contact op te nemen met het Legazpi Tourist Office in de aan de voet van de vulkaan gelegen plaats Legazpi City.

Bulusan Volcano National Park (Sorsogon, Luzon)

Landschappelijk aantrekkelijk vulkanisch gebied met een klein meer dat gevoed wordt door een onderaardse stroom. Om het door weelderige junglevegetatie omgeven meer loopt een ca. 3 km lang wandelpad met picknickplaatsen. De 1559 m hoge Mt. Bulusan heeft nog recentelijk (o.a. in 1981 en 1983) vulkanische activiteiten vertoond. Het reservaatgebied omvat 3700 hectare.

Mt. Iglit - Mt. Baco National Park (Mindoro Occidental)

Dit beschermde gebied in het bergachtige binnenland van Mindoro is vooral van belang als toevluchtsoord voor de endemische dwergbuffel of tamaraw. Het reservaat is bereikbaar vanuit de plaats San José.

Naujan Lake National Park (Mindoro Oriental)

Dit 21655 hectare grote natuurgebied omvat het Naujan Lake, een meer met een oppervlakte van 70 km2. De oeverzones van het meer vormen een belangrijke verblijfplaats voor allerlei moerasvogels zoals purperkoeten en verschillende soorten reigers en eenden.

Mt. Kanlaon Natural Park (Negros) Dit nationale park omvat de hogere hellingen van de Kanlaon Vulkaan (2465 m). De vulkaan heeft twee kraters, waarvan de jongste nog actieve krater de huidige top van de berg vormt. De lager gelegen oude krater heeft een doorsnede van ongeveer 1 km. In de hellingbossen komen apen, herten en wilde zwijnen voor en tevens een grote verscheidenheid aan reptielen en vogels. Het reservaat heeft een omvang van 246 km2.

Rajah Sikatuna National Park (Bohol)

Dit heuvelachtige park heeft een oppervlakte van 9000 hectare. Het betreft een heuvelachtig, bebost gebied nabij het plaatsje Bilar. De hellingen zijn gedeeltelijk begroeid met natuurlijk bos, maar een aanzienlijk deel van het areaal bestaat uit aangeplant bos, dat zich inmiddels goed heeft ontwikkeld en daardoor een behoorlijk natuurlijk karakter heeft gekregen. Het reservaat vormt een belangrijk toevluchtsoord voor enkele soorten schemeringszoogdieren (Filippijnse spookdiertje, vliegende maki, verscheidene vleermuissoorten). Onder de hier waargenomen vogels bevinden zich maar liefst 48 endemische soorten (o.a. de zeldzame Steere's pitta, een kobaltblauw gekleurde grondlijstersoort). Er is een eenvoudig parkwachtersstation, waar men eventueel kan overnachten (zelf proviand, slaapzak e.d. meenemen).

Mt. Apo Natural Park (Davao, Mindanao)

Dit 721 km2 grote reservaat wordt gedomineerd door Mt. Apo (2955 m), de hoogste berg op de Filippijnen. In dit gebied bevinden zich uitgestrekte hoogstammige regenwouden welke een zeer belangrijk toevluchtsoord vormen voor de beroemde Filippijnse arend, de op een na grootste arendsoort ter wereld. Men kan hier tevens een van de kleinste roofvogelsoorten waarnemen, namelijk het Filippijnse dwergvalkje. Behalve deze twee uitersten komen er nog verscheidene andere roofvogelsoorten voor, waaronder vrij algemeen de Filippijnse slangenarend. Helaas wordt dit unieke gebied met zijn interessante flora en fauna bedreigd doordat de snelgroeiende bevolking steeds meer opdringt in de randzones van het reservaat.

Mt. Kitanglad Range Natural Park (Bukiknon, Mindanao)

De woeste bergketen van Mt. Kitanglad (2899 m) beslaat een groot deel van de provincie Bukidnon. De hoogste bergtop in de keten is overigens Mt. Dulang-Dulang (2938 m). Het gebied kreeg zijn beschermde status pas in 1990. Met een oppervlakte van 306 km2 vormt het een van de belangrijkste resterende bosgebieden van noordelijk Mindanao. Bij het dorpje Lalawan aan de oostkant van het park bevindt zich een veldstation van de Philippine Eagle Foundation. Deze locatie geldt als een van de beste plekken om de Filippijnse arend in het wild te observeren.

Agusan Marsh Wildlife Sanctuary (Agusan del Sur, Mindanao) Langs de Agusan-rivier in noordoostelijk Mindanao bevindt zich een van de meest uitgestrekte zoetwatermoerassen van de archipel. Circa een derde deel van het in totaal ruim 70000 hectare grote gebied heeft thans een beschermde status. Het reservaat vormt een belangrijk broed- en voedselgebied voor allerlei soorten watervogels, waaronder zilverreigers, purperreigers en slangenhalsvogels.

St. Paul's Underground River National Park (Palawan) Dit park is beroemd vanwege het kilometerslange grottencomplex met een onderaardse rivier welke over grote afstand per kano bevaarbaar is. In de grotten verblijven grote aantallen vleermuizen en salanganen (gierzwaluwachtigen). De imposante rotsformaties, beboste hellingen en ruige kusten geven het 5750 hectare grote reservaatgebied en de wijde omgeving een grote landschappelijke schoonheid.

Tubbataha Reef National Marine Park (Suluzee)

Dit afgelegen rifgebied ligt midden in de Suluzee, ongeveer 170 km oostelijk van Puerto Princesa (Palawan). De Tubbataha-riffen verkeren dankzij hun geïsoleerde ligging grotendeels nog in ongeschonden staat en herbergen een zeer gevarieerde onderwaterwereld. De twee eilandjes in het rifgebied fungeren als legplaats voor zeeschildpadden en als broed- en pleisterplaats voor zeldzame zeevogels (verschillende soorten sterns en genten).