De eerste verhalen over Las Tunas dateren al van 1510. Volgens de legende raakte conquistador Alonso de Ojeda met zijn manschappen verdwaald in het moeras. Hij werd gered door een indianenhoofdman, wiens volk hij als dank voor hun hulp, een Mariabeeld schonk. Het beeld werd door het indianenvolk vereerd en De Ojeda leerde hen hoe een altaar te maken. De indianen bouwden er een dak boven en op deze manier ontstond waarschijnlijk de eerste kerk op Cuba. De strijd en de afgunst tussen de indianenvolkeren was groot en vijandige volkeren probeerden op bloedige manier het beeld te bemachtigen.

Feitelijk bracht het beeld dus dood en verderf over het indianenvolk en men besloot het beeld in de zee te gooien. In 1608 vonden enkele slaven het beeld in het water van Bahía de Nipe, oostelijk van Holguin. Het ging de geschiedenis in als de Maagd der Barmhartigheid, de patrones van Cuba. Het beeld staat opgesteld in de baseliek van El Cobre, enkele kilometers buiten Santiago de Cuba.

De stad Las Tunas ontstond rond 1760, maar het duurde tot 1847 voordat de stad officieel gesticht werd. Er zijn weinig gebouwen in Las Tunas die aan de vroege koloniale tijd herinneren, de stad brandde in 1897, tijdens de tweede onafhankelijkheidsoorlog, tot de grond toe af.