Het eiland kent een droge periode in februari en maart. Daar buiten is er vaak veel regen en wind, maar de temperaturen liggen hoger dan op de andere subantarctische eilanden. De omstandigheden zijn vergelijkbaar met die op Tristan da Cunha.

Amsterdam is een klein eiland (55 km2) middenin de Indische Oceaan (37°50'Z 77°31'O). Het eiland heeft een ovale vorm, met een centraal plateau (Plateau des Tombières), de voormalige bodem van de krater. Er zijn drie bergen, La Grande Marmite (742 m), Mont Fernand (731 m) en Mont de la Dives (881 m). Op het plateau is hoogveen, dat gedomineerd wordt door een begroeiing van Lycopodium saururus, diverse grassen en zeggen.

Vanaf het centrale plateau lopen lavastromen in alle richtingen, eindigend bij zee met 20 tot 80 m hoge kliffen. De westelijke helling van Mont Ferrand eindigt met 700 m hoge kliffen in zee.

Op 18 maart 1519 ontdekte de Baskische ontdekkingsreiziger Sébastian del Cano op weg van Timor naar Kaapstad een eiland op 37°52'Z 77°32'O. Men probeerde verschillende keren op het eiland aan land te gaan, maar het bleek onmogelijk. Het eiland had steile kliffen, was circa 35 km in omtrek en was hoogstwaarschijnlijk onbewoond.

Op 19 april 1618 ontdekte de Nederlander Harwick Claesz van Hillegom een tweede, maar kleiner eiland op 38°41'Z 77°29'O en noemde het naar zijn schip de Zeewolf. Tijdens een latere tocht van de Nederlandse gouverneur naar Java (17 juni 1633) werd het noordelijke eiland naar het schip Nieuw-Amsterdam genoemd.

In 1696 werd de eerste landing gerapporteerd door Willem de Vlaming. De stranden lagen vol met pelsrobben. In de jaren daarna lieten Amerikaanse en Britse walvisvaarders ploegen jagers achter op het eiland om pelsrobben te vangen. Rond 1800 werden er alleen al door Amerikaanse pelsjagers meer dan 150.000 huiden naar China verscheept voor de verkoop.

Het zou nog tot het begin van 1792 duren voor de eilanden echt in kaart gebracht werden. De Fransman Joseph-Antoin Bruni d’Estrecasteaux exploreerde de oostkust. In die tijd werden de eilanden ook bezocht door vissers van Réunion. Tegenwoordig wordt er nog op kreeft gevist rond Amsterdam.

Door menselijk toedoen zijn er van de 22 vogelsoorten die vroeger op Amsterdam broedden, nu nog slechts 10 over. Heel zeldzaam is de Amsterdamalbatros met een spanwijdte tot 3,40 m en een chocoladebruine rug. Er broeden enkele paren op het centrale plateau. De wereldpopulatie van deze albatros wordt geschat op 100 vogels.

Van de pinguïns broedt hier alleen de noordelijke rotsspringer. De stormvogelachtigen zijn beter vertegenwoordigd met de geelneusalbatros, de zwarte albatros, de endemische Saint Paul prion, de donsstormvogel, de grijze stormvogel, de duifprion, het alkstormvogeltje, de zuidpoolstern, de subantarctische grote jager, de zwarte stern.

Op de stranden is hier alleen de subantarctische pelsrob te vinden. Orka’s patrouilleren regelmatig voor de kust.

Tijdens de migratieperiode trekken de blauwe vinvis, de gewone vinvis, de noordse vinvis, de dwergvinvis, de bultrug, de zuidkaper, de potvis, de zuidelijke butskop, de griend, de Commersons dolfijn, de donkergestreepte dolfijn en de zandloperdolfijn langs de eilanden.