In hetzelfde jaar werd Moulay Abdel Aziz door zijn broer Moulay Hafid gedwongen af te treden. Hij riep de heilige oorlog uit tegen de Europese bezetters, maar door een torenhoge staatsschuld en andere financiële perikelen kon hij niks uitrichten. Ondanks opstanden van de bevolking in de Rif en aan de kust was Spanje heer en meester in het noorden. Ongeregeldheden in Fez hadden een Franse bezetting tot gevolg. In 1912 werd bij het verdrag van Fez door de koning een protectoraatsverdrag getekend waarbij Marokko in twee delen, een Franse en Spaanse zone werd opgedeeld. De koning trad af en zijn halfbroer Moulay Youssef volgde hem op. Het contact met Nederland in deze tijd bleef beperkt tot het aanstellen van een gezant.

De Franse en Spaanse protectoraten

Eigenlijk bestond Marokko vanaf 1912 uit drie zones: de Spaanse zone in het noorden en zuiden, de Franse zone in de rest, het grootste deel, van het land en de internationale zone van Tanger. Omdat de tegenstand groot was, had Frankrijk wel 30 jaar nodig om geheel Marokko onder controle te krijgen. Deze periode werd ‘pacificatie’ genoemd. Daar had het weinig mee te maken, want vooral de Imazighen (Berbers) in de Rif kwamen onder leiding van Abd el-Krim el-Khattabi voortdurend in opstand. Hij streed vooral tegen de Spaanse overheersers in het noorden, maar kwam ook met Frankrijk in conflict. In de Rifoorlog van 1921 tot 1926 leidde hij de verschillende stammen in het Rifgebied en wist hij de Spanjaarden diverse nederlagen toe te brengen. In 1922 riep hij zelfs een republiek uit, maar bleef het gezag van de koning van Marokko erkennen. Hij kreeg een gezamenlijke Frans-Spaanse troepenmacht tegenover zich en moest uiteindelijk in 1926 de strijd opgeven. Hij werd verbannen en stierf in 1963 in Caïro.

De grote leider van de ‘pacificatie’ was de Franse maarschalk Hubert Lyautey die in 1912 aangesteld werd als eerste resident-generaal van Marokko. Met een voorzichtige tactiek kreeg hij het land ondanks het felle verzet onder controle. Tussen 1914 en 1920 wist hij de Amazigh (Berber) stammen van de Midden-Atlas te bedwingen. Tussen 1931 en 1934 werd er gestreden met de stammen in de Hoge Atlas, die zich uiteindelijk ook overgaven. Lyautey verkoos Rabat als hoofdstad en begon met de economische ontwikkeling van Marokko door het stimuleren van grote landbouwbedrijven in de vruchtbare vlaktes rond de grote steden en investeringen in de mijnbouw. De oude centra (medina’s) van de steden liet Lyautey met rust en hij bouwde nieuwe stadscentra: de villes nouvelles. Er werd contact gelegd met de Amazigh (Berber) bevolking om de arabisering tegen te gaan en hun eigen taal te stimuleren. Zo werd er in 1924 in Azrou een Frans-Amazigh (Berber) instituut geopend. Men vermoedde dat het uiteindelijk ging om het christelijk maken van de Imazighen (Berbers) en dit gegeven stimuleerde de nationalistische beweging in Marokko. Casablanca werd een belangrijke havenstad waarvan de bevolking enorm toenam.

In 1927 overleed koning Moulay Youssef en hij werd opgevolgd door zijn zoon Sidi Mohammed ben Youssef die de naam Mohammed V aannam. De dertien opvolgers van maarschalk Lyautey voerden een steeds kolonialistischer bewind en speelden het politieke spel van ver-deel-en-heers. De Tweede Wereldoorlog paste bij het streven naar onafhankelijkheid van Marokko en de Verenigde Staten steunde Marokko hierin. Koning Mohammed V gaf leiding aan een nationalistische beweging en zijn volgelingen richtten in 1944 de Istiqlal (Onafhankelijkheids) partij op. In 1951 kwam El-Glaoui, de pasja van Marrakech, tegen de koning in opstand en hij kreeg steun van de Fransen. Zij dwongen Mohammed V en zijn familie om in 1953 op te stappen en in ballingschap te gaan. Internationaal gezien kreeg de koning steeds meer steun en kon hij samen met zijn zoon Hassan in 1956 naar Marokko terugkeren en werd het protectoraat opgeheven. De internationale zone van Tanger werd beëindigd en de stad Tarfaya werd door de Spanjaarden aan Marokko teruggegeven.