De langste gletsjers zijn de Tasmangletsjer, de Hochstettergletsjer, de Hookergletsjer en de Muellergletsjer. Ruim een derde van het park is het hele jaar bedekt met sneeuw. Op grote hoogte groeien onder meer gentianen en de Mount Cook-lelie. De lager liggende delen zijn begroeid met alpinevegetatie, laag struikgewas en beemdgras. Er leven ongeveer 40 vogelsoorten, waaronder de zeldzame Nieuw-Zeelandse valk, de morepork (Nieuw-Zeelandse uil), de fantail en de paradijseend. De bekendste is de kea, een groene bergpapegaai die de toeristen vermaakt met zijn lachwekkende capriolen en brutale streken. Zoogdieren als herten, gemzen, konijnen, hazen, fretten, wezels, hermelijnen en egels zijn alle door de Europese kolonisten geïntroduceerd en brengen veel schade toe aan de inheemse flora en fauna.

Het weer in dit park wordt bepaald door van de Tasmanzee afkomstige drukgebieden. Lagedrukgebieden brengen sneeuw, regen en harde wind. Hogedrukgebieden zorgen voor stabiel weer met strakblauwe luchten en veel zon. In het voorjaar waaien er vaak harde, koude winden. In Mount Cook Village kan de temperatuur in de zomer oplopen tot 30 °C en kunnen lange droge perioden voorkomen. De sneeuw die in de winter valt, blijft soms wel een maand liggen. De gemiddelde regenval bedraagt 4098 mm, verdeeld over 150 regendagen. In het Mount Cook National Park zijn veel wandel- en klimtochten te maken, variërend van korte, eenvoudige wandelingen tot meerdaagse tracks over besneeuwde bergpassen. Alle wandelroutes worden goed aangegeven. Langs de meerdaagse tracks staan goed uitgeruste hutten. Bij het THC Hermitage-hotel beginnen wandelingen door de vrij vlakke Hookervallei. Ze zijn goed te lopen voor ongeoefende wandelaars. De Hookervallei is in december op zijn mooist als tienduizenden lupines in bloei staan. Andere korte wandelingen zijn uitgezet in de Tasmanvallei en leiden naar de Tasmangletsjer, de langste gletsjer in het land. Volg de Tasman Valley Road tot de parkeerplaats. Daar beginnen de wandelingen naar de gletsjer en uitzichtpunten. De zwaarste bergtocht is de Copland Pass Track. Deze begint bij de Hookerhut en gaat over de 2148 m hoge Coplandpas naar het Westland National Park. Deze bergtocht is alleen geschikt voor ervaren klimmers, die zijn uitgerust met touwen, pikhouwelen en krammen.