Het gebied rond Münster werd al voor het begin van onze jaartelling bewoond. De Romeinen hadden belangrijke nederzettingen in het stroomgebied van de rivier Lippe maar verlieten rond het begin van de jaartelling hun kastelen aldaar om zich op de Rijnoevers te concentreren.

Rond het jaar 780 werd de nederzetting Mimigernaford door de troepen van Karel de Grote verwoest. Op die plaats werd door Liudger, een Friese missionaris in dienst van de keizer, een klooster gebouwd dat in 794 gereed kwam. De naam van de stad werd ontleend aan dat feit. Het Latijnse woord voor klooster is monasterium, welk woord verbasterd werd tot Münster. Het officiële geboortejaar van de stad is 793. Liudger werd, in 805, de eerste bisschop, waarmee Münster tot bisdom werd verheven en als stad werd erkend. Op de plaats waar het klooster zich bevond is later de Paulus Dom gebouwd.

Vanaf ongeveer het jaar 1000 ontstond er, onder de bescherming van het klooster, een nederzetting waar zich handelaren en ambachtslieden vestigden. In 1170 kreeg Münster stadsrechten. In die tijd werden er ook tal van verdedigingswerken aangelegd om de zes parochiekerken en de inwoners van de stad te beschermen. Tot de belangrijkste verdedigingswerken behoorde de stadsmuur, gesloopt in de 18e eeuw, maar nog terug te vinden als Promenade(ring).

De stad bleef zich in hoog tempo uitbreiden en werd een handelsstad van betekenis. In de 14e eeuw trad Münster toe tot het verbond dat de belangen behartigde van belangrijkste handelssteden (Hanze), en werd daardoor hanzestad. In 1494 werd in Münster het bestuur van de Westfaalse Hanze gevestigd.

Vanaf 1532 deed de reformatie in Münster haar intrede. De jaren 1534 en 1535 zullen altijd in de analen bekend blijven als de jaren van de wederdoop. De kerkhervormingen waren in volle gang en het verzet tegen het rooms-katholicisme laaide hoog op. De naam Jan van Leiden is daar onlosmakelijk mee verbonden, hij voerde een waar schrikbewind tegen alles wat rooms-katholiek was. Militair ingrijpen in opdracht van de bisschoppen (officieel: Contrareformatie), behield Münster voor de rooms-katholieke kerk. In 1628 werden de laatste protestanten uit Münster verjaagd. Overal in Münsterland zul je echter nog steeds een lichte vorm van achterdocht of superioriteit waar kunnen nemen tussen volgelingen van het rooms-katholicisme enerzijds en van het protestantisme, vetegenwoordigd door de evangelische kerk, anderzijds. Gemiddeld ligt de verhouding op 50/50.

Tussen 1643 en 1648 onderhandelden vertegenwoordigers van vele naties en van de paus in Münster en in Osnabrück over de herindeling van Europa. In Duitsland woedde de Dertigjarige Oorlog, in Nederland de Tachtigjarige Oorlog, in feite religieuze oorlogen. Op 24 oktober 1648 kwam de Vrede van Münster, onderdeel van de Vrede van Westfalen, tot stand. Daarmee kwam een einde aan de Dertigjarige Oorlog en aan de Tachtigjarige Oorlog en ontstonden de Nederlanden.

Als gevolg van het feit dat de overeenkomst die de basis vormde voor het Twaalfjarig Bestand (1609-1621) als uitgangspunt diende bij de onderhandelingen met Spanje, verliepen deze snel en betrekkelijk gemakkelijk.

In 1773 werd in Münster de eerst universiteit van Westfalen gesticht en ondergebracht in het barokke Schloss, dat nog steeds het hoofdgebouw vormt. In 1907 gaf keizer Wilhelm tijden een bezoek aan Münster het de officiële naam: Westfälische Wilhelms-Universität.

De invloed en de macht van de rooms-katholieke kerk nam sterk af. Aan het vorstenbisdom Münster kwam een einde in de napoleontische tijd. In 1806 nam Napoleon het bestuur over de stad in handen, in 1816 kwam de stad, na het Weens Congres, bij het koninkrijk Pruisen. Münster telde in die tijd bijna 20.000 inwoners en werd aangewezen als de hoofdstad van de provincie Westfalen. Dat bleef zo tot de herindeling van Duitsland in 1947.

Vanaf 1870 groeide Münster met grote snelheid, mede als gevolg van de inlijving van een aantal omliggende gemeenten in de jaren 1875 en 1903, het jaar waarin Münster het aantal van 75.000 inwoners overschreed.. Mede als gevolg van de annexatie van gebieden kon in 1875, aan de oever van de rivier de Aa, de eerste dierentuin van Westfalen worden ingericht. In 1928 kwam de Aasee tot stand en deze omgeving vormt nog steeds het belangrijkste recreatiecentrum voor de inwoners van de stad.

In 1899 kwam het Dortmund-Emskanaal gereed, een zeer belangrijke verkeersader voor het transport over water. Aan het einde van de Tweede Wereldoorlog werd Münster zeer zwaar getroffen. Binnen de Promenade, zeg maar de oude stad, werd zelfs meer dan 90% zwaar beschadigd of verwoest. Dat er in de huidige gebouwen nog zoveel oorspronkelijke zaken terug te vinden zijn is te danken aan de vooruitziende blik van de stadsbestuurders die veel waardevolle spullen in veiligheid brachten en elders opsloegen. Zo werd bijvoorbeeld het volledige interieur van de Friedenssaal, compleet met houten betimmeringen, schilderijen en kroonluchters in veiligheid gebracht. Na het einde van de oorlog werd de herbouw in hoog tempo ter hand genomen en kreeg Münster, dankzij de beschikbaarheid van historische plattegronden, zijn oude aanzien terug.

Vanaf 1955 hervatte Münster zijn uitbreidingsdrang. Dat was ook nodig mede omdat zich steeds meer studenten inschreven aan de universiteit, in 1971 waren dat er al bijna 20.000. De grootste groei ooit maakte Münster door in 1975 als gevolg van een gemeentelijke herindeling.

In 1993 vierde men in Münster een jaar lang feest. Meer dan 900 evenementen zorgden ervoor dat het 1200-jarig bestaan van de stad door niemand vergeten kon worden. Anders dan menigeen denkt, houden ze in Münster wel van een feestje. In 1998 was het opnieuw groot feest, ditmaal werd het feit gevierd dat het 450 jaar geleden was dat de Westfaalse Vrede (Vrede van Münster) werd gesloten. De festiviteiten werden door vertegenwoordigers van tal van landen die indertijd daarbij betrokken waren bijgewoond. Nederland werd vertegenwoordigd door koningin Beatrix, ook de Nederlanden ontstonden 450 jaar eerder.

Het volgende feest was in 2004. Aan de stad werd toen de Livcom-Award uitgereikt in de categorie steden met een inwoneraantal tussen 250.000 en 700.000. Deze award wordt toegekend aan de meest leefbare stad ter wereld. Ook in 2005 ten slotte, organiseerde men tal van festiviteiten in Münster, ditmaal ter gelegenheid van het 1200-jarige bestaan van het bisdom Münster.