o De lokale indiaanse volken werden door de kolonisten in grote delen van het land bedreigd en uitgeroeid, door tewerkstelling in de mijnen en op de haciënda's, moord, het innemen van jachtgebieden (voor de aanleg van weidegronden), het afschieten van hun hoofdvoedsel (guanaco's), ziekten en drank. Alleen de Aymaras, Atacameños en Mapuches wisten te overleven en hun volk en cultuur te behouden.

o Veeboeren in het zuiden richtten in de 19e eeuw slachtingen aan onder guanacos, ñandus (vermeende concurrentie voor schapen) en poema's (bedreiging voor het vee).

o Hele populaties robben, zeeleeuwen, pinguïns en walvissen werden in de 19e eeuw (bijna) uitgeroeid door robbenjagers.

o Introducties van vreemde diersoorten (ratten, konijnen, bevers) leidden tot plagen en uitroeiing van lokale soorten.

o Op grote schaal is ontbost voor de aanleg van landbouwgronden; boskap, mijnbouw en wegenaanleg leidden in deze eeuw tot habitatvernietiging en versnippering van natuurgebieden, als gevolg waarvan een steeds groter aantal diersoorten met uitsterven wordt bedreigd.

o Landbouw, visserij, mijnbouw en de winning van olie en gas gaan gepaard met vervuiling of uitputting van vaak zeer kwetsbare ecosystemen (zie verder intermezzo 'milieuproblemen').

Nationale parken en ecotoerisme

Om bedreigde planten en dieren te beschermen is in Chili al vroeg een systeem van grote (deels aaneengesloten en ongestoorde) nationale parken en reservaten opgezet. Na Argentinië, in 1903 het eerste land in Zuid-Amerika met een nationaal park (Nahuel Huapi in het merengebied), volgde Chili in 1926 met de oprichting van het Parque Nacional Vincente Perez Rozales in het aangrenzende Chileense merengebied. Chili heeft nu meer dan 40 nationale parken en een groot aantal nationale reservaten en monumenten. Dit zijn zonder meer de mooiste en waardevolste natuurgebieden van het land, en terwijl vroeger veel parken op grond van hun 'toeristische waarde' zijn gekozen, is nu het hoofddoel het behoud van alle in Chili levende planten- en diersoorten en ecosystemen, en worden nog steeds nieuwe nationale parken gepland. De parken worden beheerd door de CONAF (Corporación Nacional Forestal), de natuur- en bosbouwafdeling van het ministerie van Landbouw (adres pagina 108). Een aantal parken heeft een goede infrastructuur met bezoekerscentra, trails en beschrijvende brochures. Sinds het beschermen van natuurgebieden in nationale parken zijn in veel parken bedreigde diersoorten in aantallen weer toegenomen. Zo is in de Patagonische nationale parken de poema weer terug en zijn in Lauca de populaties vicuñas en guanacos spectaculair gegroeid. Veel dieren langs de kust zoals robben, pinguïns, zeeleeuwen en walvissen nemen weer in aantallen toe sinds ze zijn beschermd, nadat hele populaties in de 19e eeuw door robbenjagers waren uitgeroeid.

De nationale parken vervullen een voorbeeldfunctie met strenge bepalingen en verboden. Helaas ontbreekt het door geldgebrek nogal eens aan efficiënte controle, en zijn bosbranden (kampeerders) en illegale houtkap schering en inslag. Daarom is het (eco)toerisme van groot belang, dat met z'n inkomsten een stimulerende factor kan zijn voor het beleid van de nationale parken.

Bij natuurbescherming in Zuid-Amerika is de mentaliteit van de meeste Latino's nogal eens een probleem: natuur is er om gebruikt (= misbruikt) te worden, dieren om te schieten en op te eten en afval om overal weg te gooien. Gelukkig verandert de mentaliteit van de Chilenen langzaam, waarbij campagnes van de CONAF een belangrijke rol spelen. Helaas beseffen veel campesino's in de bosrijke gebieden de waarde van de vaak eeuwenoude bossen niet (omdat ze niet weten dat deze bossen uniek zijn en buiten Chili niet voorkomen), waardoor het voor houtmaatschappijen nog gemakkelijk is grote stukken bos te kopen en te kappen. Maar steeds meer land komt in handen van natuurbeschermingsorganisaties. Een belangrijke organisatie voor natuur- en milieubescherming is de in 1968 opgerichte CODEFF (Comité Nacional pro Defensa de la Fauna y Flora), Santa Filomena 185, Bellavista, Santiago (9377290; postadres: Casilla 3675 Santiago).