Bratislava heeft altijd een belangrijke rol gespeeld in de geschiedenis van de streek. Al in de tijden van de Kelten (400 v.C.) en de Romeinen (100 A.D.) was Bratislava een centrum van activiteiten. Vlak nadat de Romeinen gearriveerd waren, leefden de Kelten met hen in vrede. Hier kwam een einde aan toen de Kelten onder de heerschappij van de Germaanse stammen terechtkwamen. In die tijd bouwden de Romeinen versterkingen aan beide zijden van de Donau. Stenen met inscripties vormen hiervoor het bewijs. In de negende eeuw vestigden zich Slaven op deze plaats. Hun vorst, Breslav, liet op de heuvel een vesting bouwen, vanwaar het gebied tegen de oprukkende Magyaren (Hongaren) beschermd moest worden. Uiteindelijk heeft Slowakije toch het onderspit moeten delven en werd het gebied door Hongarije ingelijfd.

Omdat Boeda (de helft van Boedapest) in 1536 door de Turken bezet was, werd Bratislava de hoofdstad van Hongarije. De stad heeft deze functie ruim 300 jaar vervuld. De Rijksdag vergaderde er en de Hongaarse koningen werden te Bratislava gekroond. Vooral in de tijd van de Habsburgse keizerin Maria Theresia (1740-1780) onderging de stad een gedaantewisseling. Vele barokke paleizen verrezen binnen de stadsmuren. In 1848 keerde de Hongaarse regering terug naar Boedapest, dat inmiddels van de Turkse overheersing was bevrijd.

In de negentiende eeuw kwam de industrialisatie op gang. Na de Eerste Wereldoorlog vormde Slowakije met Bohemen en Moravië de Tsjechoslowaakse Republiek. Bratislava werd de hoofdstad van het Slowaakse landsdeel. Rond die tijd kreeg de stad haar huidige naam. Tot die tijd stond Bratislava bekend onder de Duitse naam Pressburg en noemden de Hongaren de plaats Pozsony. De stad dankt haar naam aan Bratislav, de laatste Slavische leider van het Groot Moravische Rijk.

In 1993 werd Bratislava de hoofdstad van een zelfstandig Slowakije.