De verscheidenheid aan zoetwaterbiotopen in de archipel is behoorlijk groot. Men vindt er vele beken en rivieren, maar tevens enkele grote en een vrij groot aantal kleine meren en enkele interessante moerassige gebieden. Deze plaatsen lenen zich goed om bepaalde soorten vogels gade te slaan zoals reigerachtigen en andere moerasvogels. Hoewel de reigers thans veel schaarser zijn dan in vroeger jaren kan men de kleinere soorten nog wel regelmatig waarnemen. De gewoonste soort is het Aziatische woudaapje (Ixobrychus sinensis), een geelbruin miniatuurreigertje dat zich meestal schuilhoudt in de oevervegetatie en gewoonlijk slechts vliegt over korte afstanden. Zowel langs snelstromend als bij stilstaand water kan men regelmatig ijsvogels aantreffen. De meest indrukwekkende soort is de ooievaarssnavel (Pelargopsis capensis), welke zijn naam dankt aan zijn buitengewoon forse rode snavel. Het is de moeite waard om bij een wandeling langs een rivier in een natuurlijke omgeving eens te letten op de aanwezigheid van bepaalde soorten reptielen zoals de ruim twee meter lange Indische varaan (Varanus salvator) en de Filippijnse waterhagedis (Hydrosaurus pustulatus) die ongeveer een meter lang wordt. Het zijn beide goede zwemmers. Bij de laatste soort heeft het mannetje een opvallende kiel bovenop de staart. Krokodillen (Crocodylus mindorensis en Crocodylus porosus) zijn zeer zeldzaam geworden op de Filippijnen.