Hoewel de Britten daadwerkelijk de macht uitoefenden, was de invloed van Khama III met betrekking tot het reilen en zeilen van het land bijzonder groot. De Britten deden weinig aan de verdere ontwikkeling van het land en de lokale vorsten, onder leiding van Khama III, waren dus meester in eigen huis. Ondanks het feit dat Zuid-Afrika graag het bestuur over Bechuanaland had uitgeoefend maar daar nooit de kans toe kreeg, is het opvallend dat de Britten het land bestuurden vanuit Zuid-Afrika. De officiële regeringszetel bevond zich namelijk in Mafeking in Zuid-Afrika.

In 1960 gingen er stemmen op om, nét als in de omliggende landen, een eigen politiek bestel te creëren teneinde door de jaren heen meer zelfbestuur af te kunnen dwingen. Het ging allemaal sneller dan verwacht. Na de oprichting van de Botswana People's Party (BPP) door Philip Matante en Motsomai Mpho, kreeg Botswana al in 1961 gedeeltelijk zelfbestuur. Dat vroeg natuurlijk om een binnenlandse politieke reactie en in 1962 werden de Botswana Democratic Party (BDP) door Seretse Khama (kleinzoon van Khama III) en de Botswana Independent Party (BIP) door Motsomai Mpho (eerder grondlegger van de BPP) opgericht.

In 1965 werden de eerste algemene vrije verkiezingen gehouden en gewonnen door de BDP van Seretse Khama die premier werd van de nieuwe regering. In hetzelfde jaar zag opnieuw een oppositiepartij het levenslicht, ditmaal het Botswana National Front (BNF), opgericht door Kenneth Koma met de steun van belangrijke chiefs uit de Botswaanse samenleving.

Op 30 september 1966 werd de onafhankelijkheid van Botswana afgekondigd en werd de naam van het land (die al door iedereen gebruikt werd) officieel Botswana: het land van de Tswana. Seretse Khama werd de eerste president, er werd geen nieuwe premier aangewezen. Botswana ging onder het bestuur van de BDP verder als een parlementaire democratie. BIP, BPP en BNF vormden de oppositie. Tot heden is de BDP nog steeds de regerende partij van Botswana.

Er werd in 1976 een gemeenschappelijke verklaring afgelegd door Angola, Botswana, Mozambique, Tanzania en Zambia waarin werd opgeroepen om het politieke evenwicht in deze staten te bevorderen en te behouden. Een belangrijke reden voor die stap waren de ontwikkelingen in de verhoudingen tussen blank en zwart in zuidelijk Afrika.

In 1980 overleed president Khama en werd vanuit zijn partij opgevolgd door Ketumile Masire (later Sir Ketumile Masire) die het presidentsschap zou blijven vervullen tot 1998. In dat jaar trad hij terug, maar de partij bleef aan de macht en Festus Gontebanye Mogae nam het stokje over. Hij zou twee ambstperiodes aan de macht blijven. Hij kreeg na zijn terugtreden in oktober 2008 een prijs van 5 miljoen dollar vanwege goed Afrikaans beleid.

In april 2008 werd Seretse Khama Ian Khama, de zoon van de in 1980 overleden Seretse Khama, gekozen als president. Op 28 oktober 2014 werd Ian Khama opnieuw tot president benoemd.

In april 2008 werd Seretse Khama Ian Khama, zoon van de in 1980 overleden Seretse Khama, gekozen als vice-presiident, in oktober 2009 als president voor een periode van vijf jaar.

De Khamadynastie

De naam Khama is onlosmakelijk verbonden met Bechuanaland, met name met het Bawangwatovolk, een van de acht belangrijkste ondervolkeren (stammen) waaruit het Tswanavolk is opgebouwd. Met name in de periode vanaf 1880 hield de familie zich intensief bezig met het volk en later met de landspolitiek, de bemoeienis met het Bawangwatovolk door de Khama's dateert al uit de 18e eeuw.

Khama III Boikanio werd geboren in 1837 en wordt algemeen gezien als de meest vooruitstrevende, maar ook meest sociale vorst die Bechuanaland ooit voortbracht. Hij was koning of chief, een functie die hij opeiste nadat hij zijn vader Sekgoma en zijn broer Kgamane had verdreven. Khama hing het christelijk geloof aan en hij was ervan overtuigd dat dit het volk meer goeds zou brengen dan de goden die door zijn voorgangers werden vereerd.

Algemeen bekend is dat hij een ingetogener en vromer leven leidde dan de missionarissen, wiens komst hij overigens zeer verwelkomde. Hij zag kans om de alcohol uit het land te verbannen, mede door de sluiting van de bierbrouwerijen die zich in Bechuanaland gevestigd hadden. Dankzij zijn verbond met de missionarissen, waardoor hij een zekere bescherming van de Britse overheid genoot, lukte het hem om zowel de Zuid-Afrikaanse Boeren als Cecil Rhodes, die het voorzien hadden op de minerale rijkdommen van Bechuanaland, buiten zijn landsgrenzen te houden. Hij werd de belangrijkste voorvechter voor samenwerking met de Britten.

In 1873 reisde hij naar Groot-Brittannië om een soort verbond met de Britten te sluiten, wat resulteerde in een Bechuanaland onder Brits protectoraat in 1875. Zo voorkwam hij dat zijn land voortdurend in oorlog zou zijn met Zuid-Afrika die het bestuur over Bechuanaland opeiste. Hij bewerkstelligde op zijn eigen manier rust in het land wat de welvaart ten goede kwam. Door voortdurende onderhandelingen en de steun van de Britten lukte het hem om die rust te handhaven.

In 1923 overleed Khama III aan longontsteking. De leiding aan het Bawangwatovolk kwam in handen van zijn zoon Sekgoma II. Diens koningschap zou echter maar twee jaar duren en gedurende die korte periode zag hij kans de rust binnen zijn volk wonderwel te bewaren. Hij overleed in 1925. Zijn zoon Seretse was op dat moment nog te jong om het ambt van koning te bekleden en de jongere broer van Sekgoma, Tshekedi Khama werd als regent aangesteld. Dat ging niet zonder slag of stoot, de oudsten van het volk zagen het leiderschap van Tshekedi Khama niet zo scherp zitten, maar gingen akkoord in de wetenschap dat het een tijdelijke zaak zou zijn.

Toen Seretse Khama meerderjarig werd eiste hij de troon van het volk voor zich op wat op heftige verzet stuitte van zijn oom. Het huwelijk van Seretse Khama werd hem daarbij bijna fataal, hij trouwde met het blanke Engelse kantoormeisje Ruth Williams zonder toestemming en medeweten van de oudsten en zonder de gebruikelijke rituelen die bij het huwelijk van een vorst behoorden. Niettemin werd Seretse Khama door de vergadering van oudsten als koning aangewezen. Dat muisje zou nog een staartje krijgen want het apartheidsregiem van Zuid-Afrika (eveneens onder Brits protectoraat), daartoe gestimuleerd door de (zwarte) Tshedeki Khama, greep in en bewerkstelligde dat Seretse Khama met een smoesje naar Groot-Brittannië werd ontboden en daar onder huisarrest werd geplaatst.

Tshedeki Khama werd opnieuw regent, maar door de oudsten van het volk nauwelijks geaccepteerd. De Britten konden slecht met de situatie overweg en zochten naar een compromis. In 1956 kwam dat tot stand en het voorzag erin dat zowel Seretse Khama als Tshedeki Khama afzagen van hun aanspraken op de troon, die overigens later weer min of meer door Seretse's zoon zou worden ingenomen, niet als koning maar als opperhoofd of chief.

In 1962 richtte Seretse Khama de Botswana Democratic Party op en hij werd de eerste premier en later de eerste president van het land dat na de onafhankelijkheid officieel de naam Botswana kreeg. Seretse Khama werd door de Britse vorstin in de adelstand verheven en zou de rest van zijn leven worden aangeduid als Sir Seretse Khama. Ondanks het feit dat Seretse Khama een fervent tegenstander was van de apartheid, wist hij vriendschappelijke banden te onderhouden met het Zuid-Afrikaanse regiem.

Zijn zwakke gezondheid speelde hem parten en hij werd diverse malen in Zuid-Afrika behandeld voor problemen met zijn lever. Begin 1980 werd bij hem maagkanker vastgesteld, een ziekte die hij niet meer te boven zou komen. Op 13 juli van dat jaar overleed hij.

Binnen de tradities van zijn volk is de naam van Ian Khama voluit Seretse Khama Ian Khama, waarmee aangegeven wordt van wie hij een zoon is. Ian Khama werd op 27 februari 1953 geboren als oudste zoon van Seretse Khama, de man die president was van Botswana zou zijn tussen 1966 en 1980. Hij werd geboren in Groot-Brittannië waar zijn ouders tot 1958 in ballingschap verbleven. Niet vanwege politieke verwikkelingen (of misschien ook wel) maar vanwege het feit dat Seretse Khama trouwde met een blanke vrouw. Ian Khama kreeg de westerse wereld dus met de paplepel ingegoten en na de terugkeer van zijn ouders in Botswana leek het erop dat hij, anders dan zijn voorouders, zou kiezen voor een militaire carrière.

Dat was vooral ingegeven door het feit dat hij een opleiding volgde aan de Royal Academy Sandhurst, opleidingsinstituut voor Britse officieren. Bovendien was hij een zeer ervaren piloot. Als luitenant-generaal was hij opperbevelhebber van de Botswaanse krijgsmacht, een functie die hij tot 1998 vervulde. Toen besloot hij tóch de politiek in te gaan en hij werd vice-president van Botswana tussen 1998 en 2008, naast zijn functie als opperhoofd van het volk waaruit hij voortkwam, het Bawangwatovolk. Op 1 april 2008 volgde hij Festus Mogae op als president van het land, op 28 oktober werd hij opnieuw als president gekozen..

Ian Khama is nooit getrouwd geweest. Toen hem daarnaar gevraagd werd moest hij het antwoord schuldig blijven, het was gewoon nooit op zijn pad gekomen. Na enig doorvragen bleek hij er toch wel een beetje spijt van te hebben. Een mannelijke afstammeling leek hem toch wel wat. Dat maakte veel los in Botswana, de bruiden stonden in de rij voor de toen al 58-jarige president. Hij 'baarde' groot opzien met zijn mededeling dat zijn eventuele toekomstige bruid lang en slank moest zijn. Daarmee maakte hij zich niet populair onder het deel van de bevolking dat vond dat een vrouw zo goed als rond moest zijn.