In Carnley Harbour op het schiereiland Musgrave ligt een oude verweerde vulkaankrater. Hier ligt zeer oud gesteente (graniet met ijzermica) van circa 100 miljoen jaar oud aan de oppervlakte. De enorme basaltpilaren op Enderby verraden ook een vulkanisch verleden. Gezien de diepe fjorden moeten de eilanden ooit bedekt zijn geweest door grote gletsjers.

Mogelijk hebben Maori’s al vroeg in de geschiedenis de eilanden bezocht, maar hiervan is niets vastgelegd. De ontdekking van de eilanden is toegeschreven aan de walvisvaarder Abraham Bristow. Hij zag de eilanden op 18 augustus 1806. Het volgende jaar ging hij hier aan land bij wat nu heet Port Ross. Binnen 25 jaar waren de hier voorkomende zeeleeuwen uitgeroeid. De ontdekkingsreizigers Charles Wilkes en César Dumont D’Urville bezochten in 1840 kort na elkaar de eilanden. In datzelfde jaar landde ook James Ross die de berichten die achtergelaten waren door zijn voorgangers vond. Tijdens alle drie de expedities werden planten geïnventariseerd.

Opvallend is dat walvisvaarders hier maar kort hebben gezeten. Een poging om het succes van de Falklandeilanden te evenaren werd na drie miserabele jaren opgegeven. Pogingen om schapen te houden, liepen vanwege het zeer vochtige klimaat op niets uit.

In 1986 kreeg de archipel de status van National Nature Reserve en in 1998 werd het uitgeroepen tot Werelderfgoed.

Door het milde klimaat met veel regen is de Aucklandarchipel het groenst van alle Nieuw-Zeelandse eilanden. Er zijn een kleine 200 inheemse hogere plantensoorten en bijna 40 geïntroduceerde soorten. De kuststrook is bedekt met ratabos (Metrosideros umbellata) met felrode bloemen, verder naar het binnenland zijn graslanden, weiden met reuzenkruiden en op de hogergelegen delen toendra’s. Er zijn vijf endemische planten: twee gentianen (Gentiana concinna en Gentiana cerina), een boterbloem (Ranunculus subantarcticus subantarcticus), een weegbree (Plantago triantha) en het Aucklandgras (Poa aucklandia aucklandia).

Op Enderby is de vegetatie ernstig aangetast door de komst van varkens, koeien en konijnen.

De eilanden zijn vooral in trek vanwege de albatrossen. Het is de belangrijkste broedplaats voor de witkopalbatros (70.000 paar) en de gibsons of grote albatros (5500 paar). Verder komen er onder andere voor: de noordelijke reuzenstormvogel, de Kaapse duif, de witkopstormvogel, de Antarctische en de dikbekprion, de Witkinstormvogel, de zwarte pijlstormvogel, en het grijsrugstormvogeltje, het zwartbuikstormvogeltje, de wenkbrauweend, de Nieuw-Zeelandse valk en de Nieuw-Zeelandse snip. Er broeden slechts twee pinguïnsoorten: de geeloogpinguïn en de rotsspringer.

Ook is Enderby bekend om het massaal voorkomen van de Hooker zeeleeuw.