Het klimaat op Macquarie wijkt niet af van dat van de andere subantarctische eilanden: nat, winderig, laaghangende bewolking, temperaturen blijven over het algemeen tussen -5° C en 10° C.

Het eiland is op 11 juli 1810 ontdekt door de pelsjager Hasselborough. Hij vernoemde de gouverneur van New South Wales, Laclan Macquarie. Ook hier volgden pelsjagers al snel. Tegen het einde van 1814 waren zo goed als alle pelsrobben afgeslacht voor hun dikke vacht. Daarna kwam de zeeolifant in zicht. Die werd voor het spek gebruikt. De traan was minstens net zo goed als die van walvissen. Later probeerde men tevens koningspinguïns uit te koken voor de traan, maar dit bleek geen groot succes. Daarna (1905-1919) waren de Schlegelpinguïns aan de beurt. Uiteindelijk werd in 1920 geen nieuwe vergunning meer verleend. Het eiland werd achtergelaten met zo goed als lege stranden, het binnenland aangevreten door konijnen die door de zeelui waren meegebracht als levend voedsel.

Na enkele kortstondige onderzoeksexpedities was Douglas Mawson de eerste die hier langdurig onderzoek deed. In 1933 werd het eiland tot natuurreservaat uitgeroepen. In 1948 besloot de Australische overheid dat er een permanente onderzoeksbasis op Macquarie moest komen. In 1978 kreeg het de officiële naam: Macquarie Island Nature Reserve. Vervolgens kwam het in 1997 op de UNESCO-lijst van Werelderfgoed.

Het eiland is geologisch vrij bijzonder: het is een stuk oceaanbodem dat, in geologische termen, vrij recent (600- tot 700-duizend jaar geleden) omhoog gekomen is. Op dit moment rijst het eiland nog circa 0,8 mm per jaar. Het gesteente dat aan de oppervlakte ligt, is 11,5 miljoen jaar geleden gevormd op de oceaanbodem op een diepte van 4 tot 6 km.

Het landschap wordt gevormd door een plateau van tussen 200 en 300 m hoogte en enkele heuvels. De hoogste top is Mount Hamilton met 433 m. De stranden bestaan uit donker lavagruis. Het binnenland wordt bedekt door voornamelijk hoogveen waarin planten als dubbelloof (Blechnum penna-marina), Antarctisch parelkruid (Colobanthus) en het stekelnootje (Aceana magellanica). Van de 41 hogere planten zijn er drie endemisch. Azorella macquariensis, Puccinella macquariensis en de orchidee Corybas dienemus. Uiteraard komt ook hier het boendergras voor. Erg opvallend is de Macquariekool (Stilbocarpa) een plant met grote schildvormige bladeren en bolvormige gele bloemen. Op vochtigere plaatsen komt de reuzenmadelief (Pleurophyllum hookeri) voor. Verder zijn er 80 soorten mos, meer dan 50 soorten levermossen, 100 soorten korstmossen en meer dan 200 soorten paddenstoelen.

De dierlijke bewoners zijn enorme hoeveelheden pinguïns, zeevogels en zeeolifanten. Endemisch is de Schlegelpinguïn, waarvan er naar schatting bijna een miljoen broedparen zijn. Ook zijn er konings- en ezelspinguïns en rotsspringers.

Zeevogels zijn ook rijkelijk vertegenwoordigd met onder andere de roetkopalbatros, de wenkbrauwalbatros, de grijskopalbatros, de noordelijke en de zuidelijke reuzenstormvogel, de Kaapse duif, de witkop-, de blauwe en de grijze stormvogel, diverse prions en de endemische Macquarie-aalscholver. Zeezoogdieren die er voorkomen zijn: de Antarctische, de subantarctische en de Nieuw-Zeelandse pelsrob, de zuidelijke zeeolifant, de orka, de zuidkaper en de potvis.

De bekendste plaatsen om aan land te gaan zijn: Caroline Cove, waar het onderzoeksstation is (pinguïns, reuzenstormvogels, zeeolifanten), Lusitania Bay (koningspinguïns), Sandy Bay (konings- en Schlegelpinguïns, Macquarie-aalscholver, subantarctische grote jager, zeeolifant) en Buckless Bay (ezelspinguïns).