In 1987 werden de Comisiones Permanentes gekozen die de voorwaarden formuleerden waaronder de vluchtelingen zouden willen terugkeren. De terugkeer zou collectief en vrijwillig moeten zijn; men zou in de oude woonplaatsen moeten kunnen terugkeren en grond moeten krijgen om te bewerken; elementaire rechten als het recht op bewegingsvrijheid en organisatie moesten worden erkend en buitenlandse waarnemers zouden op de naleving van de regels moeten toezien. Over deze voorwaarden was de CEAR, de Guatemalaanse overheidscommissie voor hulp aan vluchtelingen, bereid te onderhandelen. 1992 zou het jaar van de terugkeer worden want de regering wil graag dat de vluchtelingen terugkeren in verband met de positieve invloed op hun imago en de hulpstromen die dan op gang komen. Een historisch verdrag tussen de regering en de Guatemalaanse vluchtelingen over de terugkeer werd op 6 oktober gesloten.

In januari 1993 keerden de eerste 2500 vluchtelingen naar huis terug als eerste fase van een omvangrijk repatriëringsprogramma onder toezicht van het Hoge Commissariaat van de Vluchtelingen van de Verenigde Naties (UNHCR). De terugkeer verliep echter uiterst moeizaam, want de CEAR houdt zich niet aan de afspraken: veel families hebben nog geen grond en de militaire controle is streng. Inmiddels zijn de meeste vluchtelingen teruggekeerd maar hun situatie is verre van rooskleurig.

Eind 1996 keerde Rigoberta Menchú terug naar Guatemala waar zij een mensenrechtenorganisatie oprichtte. Deze richt zich op de berechting van de moordenaars van Rigoberta’s familieleden en van de andere 200.000 slachtoffers van het politieke geweld die nog steeds vrij rondlopen.