Al in de eerste eeuw waren er Joodse Imazighen (Berbers) in Marokko. Ze hadden beroepen als boekbinders, ververs, metaalbewerkers en boeren. Deze beroepen waren bij de Arabieren niet populair of zelfs verboden. Ook waren de Joden handelaars in suiker en zout, de meest begeerde handelswaren van die tijd. Zij moesten hiervoor wel belasting betalen aan de heersende dynastieën.

Toen de Arabieren in de 7e eeuw Marokko bezetten, legden zij de Imazighen (Berbers) hun islamitische godsdienst op. De islam beziet Joden als minderwaardig en om zich te beschermen, moesten ze extra belasting betalen. Ook konden ze niet echt vrij leven en werden hun beperkingen opgelegd. In het noorden en de grote steden zorgde de sultan voor de veiligheid van de Joden. In het zuiden en het Atlasgebergte waren het de Berbers die dit deden. De souk was het ontmoetingspunt van de Joden en Imazighen (Berbers). Naast handelaars waren de Joden ook ambachtslieden en zij voorzagen de Imazighen (Berbers) van producten die anders niet beschikbaar waren. Doordat ze van elkaar afhankelijk waren, leefden ze meestal in vrede.

In de 14e eeuw raakte de Merinidische dynastie haar macht in Spanje aan de christenen kwijt. Bij de val van Granada in 1465 moest het islamitische koninkrijk het veld ruimen. De katholieke koningen gaven de moslims en de Joden geen keuze. Ze moesten zich bekeren of werden zo door de Spaanse inquisitie achtervolgd en bedreigd met martelingen dat ze de wijk namen Marokko.

De vervolging van Joden in Spanje duurde tot de 16e eeuw en velen vonden een nieuw thuisland in Marokko. Tijdens de Merinidische en Saädische overheersing kregen de Joden enige bescherming in de vorm van aparte woonwijken, de mellahs. Het woord ‘mellah’ stamt af van het Arabische woord voor zout. Ook werden intellectuele Joden adviseurs van de Saädische koningen. Dit is nog zichtbaar in de vorm van de Saädische graven in Marrakech, waar de graven van de Joodse vertrouwelingen dicht bij die van de koningen liggen. De oudste mellahs zijn die van Fez en Marrakech. Toen er steeds meer Joodse vluchtelingen uit Spanje naar Marokko kwamen, werden er ook mellahs gebouwd in Rabat, Essaouira, Meknès en Safi. In deze wijken waren het vooral de zilversmeden die furore maakten.

De volgende twee eeuwen waren het de Alawieten die heersten en zij gaven de Joden wel ruimte om de beroepen van handels- en kooplieden uit te oefenen, maar helemaal vrijgelaten werden ze niet. In de 19e eeuw vervulden de Joden ook vaak de rol van ambassadeur in contacten met Europese landen als Denemarken, Holland en Engeland.

Marokko kreeg in de 19e eeuw steeds meer invloed van Europa te verwerken en de traditionele samenleving veranderde. In 1912 waren de Fransen in Marokko de baas en de verhouding tussen de Imazighen (Berbers) en de Joden veranderde hierdoor. Via de Frans-Joodse Alliance Israëlite Universelle, de eerste internationale joodse organisatie, verbeterde de positie van de Joden door goed onderwijs.

Na de Tweede Wereldoorlog en de stichting van de staat Israël in 1948 emigreerden de Joden uit het zuiden vooral naar Israël en ruim 100.000 hoger opgeleide Joden vertrokken naar Frankrijk, Canada, Spanje, Zuid-Amerika en de Verenigde Staten.

Voor de onafhankelijkheid leefden 250.000 tot 300.000 Joden in Marokko. Toen de onafhankelijkheid in zicht kwam, waren veel Joden bang voor hun positie in Marokko zonder Franse invloed. Tussen 1952 en 1956 vertrokken 40.000 Joden uit het zuiden van Marokko naar Israël. In 1956 gaf de Marokkaanse staat geen toestemming meer voor migratie, omdat ze bang was voor een te grote uitstroom. Toch vertrokken er in het geheim duizenden Joden naar het buitenland. Dit emigratieverbod werd in 1961 afgeschaft en na 1964 waren bijna alle Joden uit het zuiden geëmigreerd. Tijdens de zesdaagse oorlog in 1967 vertrokken 25.000 Joden naar het buitenland. Van de 35.000 overblijvende Joden emigreerde in 1974 na politieke spanningen in Marokko het merendeel naar Europa en Canada, de Verenigde Staten en Latijns-Amerika.

Momenteel leven er nog ongeveer 3500 joden in Marokko, van wie het merendeel in Casablanca woont. In 2003 was deze gemeenschap het slachtoffer van een bomaanslag waarbij 33 doden vielen. Koning Mohammed VI staat positief ten opzichte van deze bevolkingsgroep. Joodse onderwijsinstellingen ontvangen overheidssubsidie en de koning heeft een aantal joodse adviseurs. Om de mellah in Essaouira weer nieuw leven in te blazen heeft de koning Joodse migranten uitgenodigd om terug te keren.

De Marokkaanse keuken kent een aantal typisch Joodse gerechten die vaak zoutig van smaak zijn. In het noorden van Marokko hebben de Joden ook een muzikale erfenis achtergelaten in de vorm van liederen en ballades in Oudspaans, dat in Spanje in de 15e eeuw gesproken werd. De muzikale tradities werden voortgezet in Israël, waar Andalusische, Arabische en Hebreeuwse invloeden vermengd werden.