Het einde van de Almohadische dynastie kwam in zicht toen Abou Youssef Yacoub (1258-1286) in 1269 Marrakech veroverde, zodat de Meriniden geheel Marokko in hun macht hadden. In 1276 kozen ze Fez als hoofdstad en bouwden ze een geheel nieuw Fez, het Fez el Jedid, van waaruit ze hun grote rijk bestuurden.

Ook in Spanje probeerde Abou Youssef Yacoub tussen 1275 en 1285 zijn macht te vestigen, maar dit lukte hem niet. De oorzaak was dat het in de eigen gelederen onrustig was. Zijn zoon Youssef had weinig gezag en werd in 1307 vermoord.

De heerser Abou el Hassan (1331-1351), de ‘zwarte sultan’, trouwde met een dochter van de vorst van Tunis en breidde zo zijn invloedssfeer uit naar het oosten. Toen zijn schoonvader overleed, probeerde hij zijn macht daar te versterken. Tegelijkertijd greep zijn zoon Abou Inan de macht in Fez en bevocht later zijn vader, die daardoor overleed. Zeven jaar later werd de zoon vermoord. Deze beide vorsten hebben nog wel fraaie bouwwerken neergezet.

Tussen 1358 en 1398 regeerden acht sultans die nauwelijks echte macht hadden, waardoor verschillende delen van het land weer onafhankelijk werden. Door onveiligheid in het zuiden liepen de karavaanroutes naar Tunis in plaats van naar Marokko.

De Watta-Berberstam kreeg tijdens het bewind van de laatste Merinidische heerser Abd-el-Haqq (1420-1465) veel invloed, waardoor zij de macht overnamen en van 1465 tot 1549 het land bestuurden. Ze sloten een bestand met de Portugezen, maar maakten in 1492 ook de val van Granada mee, die een definitief einde betekende voor de islamitische invloed in Europa. Deze Wattasidische dynastie was eigenlijk een soort verlenging van het Merinidische rijk. Ook zij konden de anarchie in het rijk niet tegenhouden. Dit was de laatste Amazigh (Berber) dynastie die Marokko gekend heeft.

Deze laatste twee dynastieën waren geen afstammelingen van Mohammed en hadden dus geen religieus prestige. Hun leger bestond voor een deel uit Turkse en christelijke huursoldaten. De Merinidische periode was wel in religieus en cultureel opzicht een bloeiperiode.