Zoals veel derdewereldlanden kent Botswana diarree, longontsteking en oogproblemen als belangrijkste vijanden op medisch terrein. Maar ook tuberculose en malaria komen er veelvuldig voor, zij het dat de laatstgenoemde ziekte beperkt is tot Noord-Botswana. Het grootste probleem op het gebied van gezondheidszorg is aids. Waarschijnlijk had Botswana in de vorige eeuw het grootse aantal aids-geïnfecteerden in de wereld. Dat leidde er in de jaren 1990 toe dat de gemiddelde levensverwachting terugliep van 63 jaar naar 49 jaar. In 2009 was deze levensverwachting weer gestegen tot 58 jaar, maar dit cijfer is allerminst stabiel.

Het aantal hiv/aids geïnfecteerden bedroeg in 2009 nog steeds 320.000 (was ruim 15%! van de bevolking), het aantal sterfgevallen als gevolg van de ziekte ruim 5.800. Momenteel wordt internationaal gewerkt aan een oplossing voor het probleem, maar zolang met name de mannen weigeren om voorbehoedmiddelen te gebruiken is het vechten tegen de bierkaai. Overleg tussen de regering van Botswana en deskundigen uit de Verenigde Staten heeft geresulteerd in een vijfjarenplan vanaf 2010 waarbinnen het terugdringen van aids gestalte moet krijgen.

Zo heeft het ministerie van Onderwijs vanaf 2011 een landelijk programma opgezet dat erin moet voorzien om op de scholen verplicht onderwijs te geven over het ontstaan en de gevolgen van de ziekte. Alle scholieren vanaf 6 jaar zullen participeren in dit onderwijspakket dat ondersteund wordt door computerprogramma's die aan alle scholen aangeboden zullen worden.

Bijkomend probleem is dat het grote aantal ziektegevallen zijn stempel drukt op zowel het onderwijs als op de economie van het land.