Bijzonder aan Midden-Amerika, dus ook aan Nicaragua, is de ligging. Het gebied is een isthmus, een landengte, tussen de continenten Noord- en Zuid-Amerika. Ooit, toen deze isthmus zich vormde, kwam er een grote migratie tot stand. De van oorsprong Noord-Amerikaanse flora en fauna verspreidden zich naar Zuid-Amerika. Andersom was dit ook het geval, zij het in mindere mate. Nicaragua telt ongeveer 8000 plantensoorten en 1400 diersoorten waarvan vogels met 700 soorten het leeuwendeel vormen. De kleurrijke guardabarranco is de nationale vogel. Ook kolibries, van origine Zuid-Amerikaans, en de zeldzame quetzales vind je hier. In het oosten leven toekans, papegaaien, miereneters en apen. De enige zoetwaterhaaien (carcharhinus leucas) ter wereld zwemmen in Lago Cocibolca. Zij zouden vanuit de Caribische Zee de Río San Juan opgezwommen zijn en zich hebben aangepast aan zoet water. Via de rivier bereikten ze uiteindelijk het zoetwatermeer Cocibolca. Andere waterbewoners zijn de manatees (trichechus manatus) ofwel zeekoeien. Zij komen voornamelijk aan de oostkust voor maar worden door uitroeiing bedreigd. Het zeekoeienvlees is een lekkernij voor de lokale bevolking. Dat geldt ook voor de eieren van zeeschildpadden. Verschillende soorten zee-schildpadden bezoeken zowel de oost- als de westkust van het land. De wijfjes leggen en begraven de eieren op bepaalde stranden. Regelmatig worden deze nesten leeggeroofd. Inmiddels zijn er verschillende projecten opgezet om dit te voorkomen. Het onderwaterleven is vooral aan de oostkust de moeite van een kijkje waard. Vanaf de Corn Islands kunnen duikers en snorkelaars de koraalriffen bewonderen. In en om het rif leven onder andere papegaaivissen, pijlstaartroggen en witpunthaaien.