Ferdinand I (1526-1564, vanaf 1556 ook keizer van het Duitse Rijk) was de eerste van een lange rij Habsburgers die over het land zou heersen. Hij was de echtgenoot van Anna van Bohemen en Hongarije en een broer van de Duitse keizer Karel V. Wenen was de hoofdstad van de Donaumonarchie en de keizerlijke residentie, maar Bratislava (Pozony) werd in 1636 tot hoofdstad van Hongarije gekozen, omdat Boeda (de helft van Boedapest) nog steeds door de Turken bezet werd. De Hongaarse Rijksdag vergaderde in de Slowaakse stad en de Hongaarse koningen werden er gekroond. Rond die tijd verplaatste de aartsbisschop van Esztergom (Hongarije) zijn zetel naar de Slowaakse stad Trnava. Deze stad werd het godsdienstige centrum van Hongarije. Ferdinand werd gedwongen de politieke en religieuze rechten van de Slowaken en Hongaren te erkennen. Dezen waren nog steeds overwegend protestant. Vooral het lutheranisme had veel volgelingen. Het duurde echter niet lang of Ferdinand begon in navolging van zijn broer de Duitse keizer Karel V, met de vervolging van de protestanten. De verschillende stromingen in de protestantse kerk sloten zich aaneen in de strijd. Ferdinand versloeg hen, nam de burgers hun privileges af en confisqueerde hun eigendommen. Op deze manier sloeg hij de economische basis onder het verzet uit. De edelen werden milder gestraft omdat de koning hoopte zich zo van hun medewerking te kunnen verzekeren. De katholieke kerk begon in 1556 met de Contrareformatie. Ferdinand riep de hulp van de jezuïeten in bij zijn pogingen de protestanten te bekeren. Mede hierdoor werd in 1635 de katholieke universiteit van Trnava gesticht .

Aan het einde van de 17e eeuw werden de Turken teruggedrongen. Heel Slowakije en Hongarije kwamen onder het gezag van de Oostenrijkse keizer. Zo ontstond de Habsburgse Donaumonarchie. De Slowaken en de Hongaren werden gedwongen Duits te leren en Oostenrijkse gewoontes over te nemen. Vooral de Hongaren kwamen hiertegen in opstand. De Slowaakse lijfeigenen waren hiervan de dupe. Zij werden steeds verder uitgemolken en elke vorm van verzet werd hardhandig gestraft.

In 1740 besteeg Maria Theresia (1740-1780) de troon. In 1749 werd een decreet uitgevaardigd waarin bepaald werd dat de Tsjechi-sche en Oostenrijkse kabinetten in één centrale regering zouden opgaan. Hongarije en dus ook Slowakije zouden niet onder dit gezag vallen. Hier werd in feite een begin gemaakt met de toekomstige Oostenrijks-Hongaarse dubbelmonarchie.

Maria Theresia werd in 1780 opgevolgd door haar zoon Josef II (1780-1790). Hij perkte de macht van de katholieke kerk in en keurde godsdienstvrijheid goed. In 1781 schafte hij het lijfeigenschap af en voerde andere regelingen door, die tot verbetering van de positie van vooral mensen op het platteland leidden. De Slowaken kregen zo meer vrijheden om zichzelf in sociaal en cultureel opzicht te ontplooien. Het nationalisme stak steeds meer de kop op. In de 19e eeuw onderging het land ook economisch gezien vele veranderingen. De industriële ontwikkelingen kwamen net als in de rest van Europa sterk op gang.

Op 2 december 1805 werden keizer Franz II (1792-1835) en de Russische tsjaar Alexander I door Napoleon Bonaparte in de Driekeizerslag bij Austerlitz (het huidige Slavkov u Brna in Tsjechië) verslagen. Een jaar later hield het Heilige Roomse Duitse Rijk op te bestaan. Franz II noemde zichzelf voortaan Franz I, keizer van Oostenrijk. Slowakije bleef onder het Hongaarse bewind vallen. Duidelijke veranderingen waren echter niet merkbaar.

In 1815 ontstond de Heilige Alliantie, een vredesverbond tussen Oostenrijk, Rusland en Pruisen. Deze alliantie was gespitst op tekens die erop zouden kunnen wijzen, dat er een revolutie zoals de Franse zou uitbreken. Dit wilde men namelijk te allen tijde tegengaan.

In Slowakije groeide in die tijd het verzet tegen de Hongaren, die alle inwoners van hun land, onder wie de Slowaken, tot ‘echte’ Hongaren wilden omturnen. Hongarije zelf streefde naar een zo groot mogelijke zelfstandigheid binnen de Donaumonarchie.

In 1848 werd Boedapest opnieuw de hoofdstad van Hongarije. Bratislava verviel daardoor weer tot een slapende provinciestad. In datzelfde jaar was het onrustig in heel Europa, ook in Slowakije. In de Tsjechische hoofdstad Praag werd een congres gehouden ter versterking van de Slavische saamhorigheid. De deelnemers werden echter door de Oostenrijkers aangepakt en aan de onlusten werd hardhandig een einde gemaakt. In dat jaar slaagden de Hongaren erin zich door een revolutie van de Habsburgers te bevrijden. In Boedapest werd een liberale, constitutionele regering gevormd. Maar een paar jaar later hielpen de Russen de Habsburgers de Hongaarse troon weer te bestijgen. In de eerste regeringsjaren van Franz Josef (1848-1916) verkeerde Slowakije in een permanente staat van beleg. In grote delen van Europa nam het opkomende liberalisme toe. De Oostenrijkse heersers werden daardoor gedwongen concessies te doen. In 1861 kregen de Slowaken een zetel in de Hongaarse Landdag.

In 1867 werd het Habsburgse Rijk in twee delen opgesplitst: het Hongaarse deel waaronder Slowakije viel en het Oostenrijkse deel. De keizer/koning benoemde drie ministers voor gemeenschappelijke en buitenlandse zaken. Voor interne aangelegenheden konden de afzonderlijke delen eigen ministers aanstellen. De Oostenrijks-Hongaarse dubbelmonarchie was een feit. De drang tot zelfstandigheid werd onder de Slowaken echter steeds groter. In Slowakije vormden schrijvers de drijfveer achter het opkomend nationalisme.

In 1914 brak de Eerste Wereldoorlog uit. Directe aanleiding daartoe vormde de moordaanslag op de Oostenrijkse troonopvolger Frans Ferdinand door de Servische student Gavrilo Princip. Slowakije en Tsjechië werden gedwongen de kant van de dubbelmonarchie te kiezen. Dit mocht de Oostenrijkers echter niet baten, zij moesten in 1918 de nederlaag erkennen.