De bevolking bestond voornamelijk uit Tsjechen (46%), Slowaken (33%), Sudeten-Duitsers (13%) en Hongaren (8%). De Slowaken waren echter ontevreden. Masaryk had hun autonomie toegezegd maar door de grondwet van 1920 werd een gecentraliseerd Tsje-choslowaaks bestuur met een zeer beperkt zelfbestuur voor Slowakije van kracht. Ook de Sudeten-Duitsers, die tot een minderheid geworden waren, streefden naar zelfstandigheid. Toen Hitler aan de macht kwam en het idee verspreidde om alle Duitssprekenden in één groot rijk te verenigen, wensten de Sudeten-Duitsers verbondenheid met Duitsland.

In 1935 volgde Eduard Beneš Masaryk op als president van Tsjechoslowakije. Onder zijn regering groeiden de problemen met de Sudeten-Duitsers. Op 29 september 1938, tijdens de Conferentie van München kwamen Hitler, Mussolini, de Brit Chamberlain en de Fransman Daladier bijeen. Zij sloten een overeenkomst waardoor Tsjechoslowakije werd gedwongen Sudetenland aan Hitler af te staan. Hierdoor verloor Tsjechoslowakije een derde deel van zijn grondgebied aan Duitsland. Hitler beloofde in ruil daarvoor geen oorlog te zullen beginnen.

Eduard Beneš legde niet lang daarna zijn functie als president neer en vertrok naar het buitenland. Hij vormde daar een regering in ballingschap. Hitler brak zijn belofte en viel op 15 maart 1939 Bohemen en Moravië binnen. Bohemen en Moravië werden een Duits protectoraat. Slowakije werd een pro-Duitse vrijstaat onder leiding van monseigneur Josef Tiso, de leider van de Slowaakse Volkspartij. Het protectoraat maakte deel uit van het Derde Rijk. Het was Hitlers bedoeling de streek te verduitsen. Daartoe werd het onderwijs gegermaniseerd. Duizenden joden werden in die tijd weggevoerd. In 1941 werd Reinhard Heydrich als Reichsprotector aangesteld. Deze gehate figuur werd in 1942 door Tsjechische piloten, die door de regering in ballingschap waren gestuurd, gedood. Als represaillemaatregel werd het plaatsje Lidice met de grond gelijkgemaakt. In Slowakije leverde Tiso 50.000 joden uit aan Duitsland in ruil voor de ‘vrijheid’ van zijn republiek. De meerderheid van het volk liet hiertegen geen protest horen. Hitler stelde zich daarop welwillend tegen Slowakije op. Omdat hij tegelijkertijd hard tegen Tsjechië optrad, werd de kloof tussen beide volkeren groter dan ooit. De communisten kregen in de oorlog in Slowakije steeds meer invloed. De jonge communist Gustáv Husák organiseerde verzet tegen het fascisme van Tiso. Op 29 augustus 1944 brak in Slowakije de nationale volksopstand uit. Deze werd echter door de Duitsers neergeslagen omdat de verwachte hulp van de Sovjettroepen niet op tijd kwam. In 1945 vielen de Russen Slowakije binnen en verdreven de Duitsers. Daarna werden Bohemen en Moravië bevrijd. De Amerikanen waren eerder tot bij Praag doorgedrongen dan de Sovjets. Op hoog niveau was echter overeengekomen dat Tsjechoslowakije onder de invloedssfeer van de Sovjetunie viel en dat daarom de Russen het land van de Duitse overheersing mochten bevrijden.