Grote delen van de eilandenarchipel en de westelijke Andes met z’n gematigde regenwouden zijn beschermd in de nationale parken ‘Isla Magdalena’ en ‘Laguna San Rafael’. Alleen naar Laguna San Rafael met z’n spectaculaire gletsjer worden bootexcursies georganiseerd.

De Andes met z’n ijskappen en gletsjers is in de Región Aisén behalve in het al genoemde Parque Nacional Laguna San Rafael te bewonderen in het Parque Nacional Queulat, dat beperkte voorzieningen voor bezoekers heeft (enkele trails).

Op de met loofbos begroeide overgangszone naar de Patagonische steppe ten oosten van de Andes zijn slechts een paar nationale parken. Ten oosten en zuiden van Coihaique bevinden zich enkele juweeltjes van natuurreservaten, die vrij onbekend zijn: het kleine Reserva Nacional Las Lagunas met lengabossen en een paar diepblauwe meren; en de grotere Reserva Nacional Cerro Castillo en Reserva Nacional Tamango.