Op 17 januari wist vice-admiraal Jacob Huygenszoon, die het commando overgenomen had, de genadeslag toe te dienen aan de Spaanse admiraal Conde de Torre die in de maanloze nacht wist te ontkomen.

De gedesoriënteerde Spanjaarden gingen zich in Salvador hergroeperen. De nederlaag van de Spaanse vloot kwam elders ook hard aan. Na de slag bij Duins die door Tromp gewonnen wordt, was het gedaan met Spanje als maritieme wereldmacht. De Portugezen kregen nu nieuwe moed, verbraken de Spaans-Portugese alliantie en brachten op 1 december 1640 João de Braganza als Juan IV aan de macht. De burgemeester van Lissabon, Dom Jorge de Mascarenkas, werd benoemd tot onderkoning van Brazilië en ontwapende de Spaanse troepen in Bahia.

De Heeren Negentien waren nu meer dan ooit aangewezen op Johan Maurits en overtuigden hem ervan dat hij de grenzen moest verleggen en daarna consolideren om zodoende bondgenoten van Portugal te worden en te blijven. Terwijl daarover onderhandeld werd zag Johan Maurits kans de Portugezen enkele Afrikaanse slavendepots in Angola en Benguala te ontfutselen en ten slotte werd São Luiz nog aan het Hollandse territorium toegevoegd.

De Hollanders hadden nu 2000 km aaneengesloten kustlijn onder beheer en nu pas werd het vredesverdrag getekend, om precies te zijn op 3 juli 1642 en wel in Recife.

Hoe was het inmiddels gesteld met het dagelijks leven in Recife? De corruptie en zedeloosheid waren wel iets minder geworden, maar er was nog altijd een hevige naijver tussen de gereformeerden, de katholieken en de joden. Daar kwam nog bij dat volgens de kroniekschrijvers van die tijd de Hollandse vrouwen wel geëmancipeerder en ondernemender waren dan de Portugese vrouwen, maar omdat deze laatsten dikwijls veel lieftalliger waren gaven de Hollandse mannen nogal eens de voorkeur aan een Portugese eega voor wie ze dan overgingen tot de katholieke godsdienst. In deze gevallen stond Johan Maurits vrij machteloos omdat hij – nimmer gehuwd – liefdesbetrekkingen onderhield met diverse Portugese vrouwen onder wie ene Anna Pães d’Altro. Toen hij door deze relatie in opspraak dreigde te komen liet hij haar huwen met een zekere Karel Tourlon, die een prachtige baan aan het hof kreeg.

Maar Anna deelde het bed met Johan Maurits en Karel kon vertrekken of zwijgen. Hij deed het laatste, maar schreef wel anonieme brieven naar stadhouder Frederik Hendrik in het mistige vaderland. Dergelijke zaken, gevoegd bij de nog steeds te lage suikerproductie, brachten de Heeren Negentien op de gedachte Johan Maurits te vervangen en op 9 mei 1643 werd de ontslagbrief geschreven.

Vele kolonisten gingen met Johan Maurits mee terug naar het vaderland of vertrokken naar Suriname. Na het vertrek van Johan Maurits begon een woelige periode waarin verraad de inleiding vormde tot de ondergang en het einde van de kolonie. Diverse leiders liepen over naar de Portugezen in ruil voor geld en een hoge rang in het Portugese leger. De Heeren Negentien van de West-Indische Compagnie moesten nu kiezen tussen ingrijpen en Recife versterken (wat geld kostte) of de relaties met de Portugezen in de internationale handel goed houden (wat geld opleverde). Zij kozen – uiteraard, zou men bijna zeggen – voor het laatste, maar er werd toch nog een nieuw bestuur voor Recife gevormd met Van Schoppe als luitenant-generaal en Witte Corneliszoon de With als admiraal. Dit nam niet weg dat het leger tweemaal achtereen een zware nederlaag leed bij Guararapes, een van de wapenfeiten die ten grondslag ligt aan het Braziliaanse zelfbewustzijn.

De With is min of meer gedrost. Op eigen bevel voer hij met twee schepen richting Noordzee. Na zijn verslag aan de Staten-Generaal werd hij gearresteerd. De eis was de doodstraf, maar dat werd omgezet in verbeurdverklaring van de maandlonen gerekend vanaf zijn vertrek uit Brazilië. Maar nadat Holland weer eens met Engeland in oorlog was geraakt kreeg hij weer het bevel over een oorlogsvloot. Zonder enig beleid werd de vestiging in Recife nog vier jaar gerekt en dat was alleen mogelijk omdat de Portugese vloot door de Engelsen aan de ketting was gelegd. Maar nadat de Hollanders met de Engelsen in oorlog waren geraakt wisten de Portugezen dat zij nu in alle rust de genadeklap konden voorbereiden en uitdelen.

Met een kleine vloot – waaronder Amsterdamse schepen – en flink wat goud om de gezagsdragers om te kopen werd op 20 december 1653 Recife bereikt, waarna de overgave op 26 januari 1654 volgde. Daarmee verdween een koninkrijk dat bijna 24 jaar geduurd had. Degenen die weg wilden moesten dat binnen drie maanden doen. De meesten die vertrokken gingen of terug naar het oude vaderland of naar Suriname.