Het grootste deel van het land, inclusief de indiaanse bevolking, wordt opgedeeld in 'encomiendas', die aan soldaten en avonturiers worden vergeven. De inheemse bevolking (Aymaras, Diaguitas, Picunche, Huiliche) werd onderworpen, of vluchtte en nam sterk af door ziektes en het gedwongen werk op de landerijen. Met het 'encomiendasysteem' werd de basis gelegd voor de Chileense oligarchie, die tot aan deze eeuw de economie overheerste. Grootgrondbezitters die zelf in de steden woonden hadden grote landbouwbedrijven ('fundos' of 'haciendas'), waarop ze de indiaanse bevolking (en later Chileense landarbeiders) lieten werken.

Het lukte de Spanjaarden evenmin als de Inca's het zuiden van Chili te veroveren. De Mapuche-indianen boden fel weerstand in een lange guerrillaoorlog, waarin ze in 1554 De Valdivia zelf gevangen namen en doodmartelden. De Spanjaarden en later de Chileense staat hebben drie eeuwen nodig gehad om de indianen aan zich te onderwerpen en moesten tot in de 19e eeuw genoegen nemen met het noorden en centrum van Chili (zie ook pagina 310). Chili is in de 16e eeuw economisch niet zo belangrijk voor de Spaanse kroon, ondanks het feit dat het centrum vruchtbaar is en geschikt voor de landbouw. Want het transport van landbouwproducten naar Europa is gecompliceerd en lang, en delfstoffen zijn er dan nog niet gevonden. In 1700 telt de kolonie Chili 100.000 inwoners. Dit aantal groeit in de volgende eeuw tot een miljoen; de gouden eeuw van het koloniale Chili.