Door lange perioden van isolatie en omdat Chili voor veel soorten een eiland vormde (omgeven door de oceaan in het westen, de woestijn in het noorden en de Andes in het oosten), hebben veel ecosystemen een heel eigen flora en fauna ontwikkeld, met soorten die nergens anders voorkomen (zogenaamde 'endemen'). Vooral langs de woestijnkust en in de gematigde regenwouden vinden we veel unieke planten en dieren. Over het algemeen kennen alle ecosystemen van Chili weinig grote zoogdieren, behalve misschien de Altiplano met z'n grote aantallen lama-achtigen. Aan vogels zijn vrijwel alle gebieden (zoals in heel Zuid-Amerika) erg rijk. Ook langs de kusten van Chili leven erg veel dieren. Veel berggebieden en bossen zijn door hun ontoegankelijkheid nog maar gedeeltelijk geëxploreerd en van veel planten en dieren en hun onderlinge relaties is nog maar weinig bekend. Vooral het gematigd regenwoud is nog maar nauwelijks onderzocht. Voor ons zijn veel planten en dieren natuurlijk ook onbekend. Niet alle planten en dieren hebben een Nederlandse naam, zo nodig is de Spaanse of Engelse naam vermeld.