De grote verscheidenheid aan biotopen heeft ertoe bijgedragen dat de Filippijnse flora en fauna een gevarieerd karakter hebben gekregen. De betrekkelijk geïsoleerde geografische positie van de eilanden maakte bovendien de ontwikkeling mogelijk van talloze endemische soorten, d.w.z. soorten die uitsluitend in dit gebied en nergens anders voorkomen. Sommige soorten zijn in hun verspreiding zelfs beperkt tot slechts één of enkele eilanden in de archipel. Evenals het eilandenrijk van Indonesië liggen de Filippijnen in het overgangsgebied van het oriëntaalse faunarijk (behorend bij Zuidoost-Azië) en het Australische faunarijk. Er komen derhalve op de Filippijnen vele diersoorten voor waarvan de verre voorouders afkomstig waren van het vasteland van Azië (dit geldt vooral voor de landgebonden diersoorten zoals de meeste zoogdieren), maar er zijn ook soorten die een Australische herkomst hebben (bijvoorbeeld de Filippijnse kaketoe). In tegenstelling tot de grote Sunda-eilanden Sumatra, Java en Borneo van de Indonesische archipel komen op de Filippijnen tegenwoordig geen grote zoogdiersoorten voor als olifanten, neushoorns, tijgers, panters en orang-oetans. Dit is onder meer een gevolg van het feit dat de Filippijnen (uitgezonderd de eilandengroep van Palawan) niet via het continentale plat verbonden zijn met het vasteland van Zuidoost-Azië hetgeen wel geldt voor de genoemde Sunda-eilanden. Lang geleden hebben er wel grote zoogdiersoorten op de Filippijnen geleefd (er zijn onder andere fossiele resten gevonden van olifantachtigen en neushoorns), maar deze zijn reeds in prehistorische tijden uitgestorven. Betrekkelijk grote landzoogdieren die thans nog op de Filippijnen voorkomen zijn herten, wilde zwijnen en de tamaraw, een zeldzaam endemisch dwergrund dat alleen op het eiland Mindoro voorkomt. Doordat het aantal soorten en ondersoorten van kleine zoogdieren wel behoorlijk groot is huisvest de archipel in totaal circa 225 zoogdiervormen.

<class="image-right" height="284" width="200"> De verscheidenheid aan vogels is nog aanzienlijk groter. Hiervan komen in totaal ruim 570 verschillende soorten voor, waaronder ook vele endemen. De Filippijnen fungeren ook als doortrek- en pleistergebied voor vele Oost-Aziatische trekvogels die in de tropen overwinteren. Het aantal soorten reptielen is vrij groot, maar de amfibieën zijn minder sterk vertegenwoordigd. Vooral voor de laatste diergroep vormt zeewater een moeilijk te overbruggen barrière. De variatie aan vissoorten en allerlei ongewervelde waterdieren is bijzonder groot, onder andere dankzij de aanwezigheid van verschillende zeegebieden die elk hun eigen karakter hebben: in het oosten de immense Grote Oceaan, in het zuiden de Celebeszee en in het westen de Suluzee en de Zuidchinese Zee. Ook de minder omvangrijke en meer beschut gelegen waterbekkens te midden van de archipel, zoals de Visayazee en de Boholzee, onderscheiden zich onderling door bepaalde verschillen in levensmogelijkheden. De insectenfauna van de Filippijnen is ook erg gevarieerd. Doordat veel insectensoorten zich vliegend kunnen verplaatsen hebben deze dieren de eilanden gemakkelijker kunnen koloniseren dan sterk landgebonden dieren als de meeste zoogdieren en reptielen. Een erg opvallende groep onder de insecten vormen de vlinders. Deze zijn vertegenwoordigd door vele soorten, waarvan de meeste fraai gekleurd zijn en sommige een vleugelspanwijdte hebben die niet onder doet voor die van een kleine vogel. Het is binnen het bestek van deze gids niet mogelijk de Filippijnse natuur in al haar facetten diepgaand te behandelen. Om toch een indruk te geven van de verschillende ecosystemen met de daarin voorkomende flora en fauna volgt hier een beknopte bespreking van de belangrijkste biotopen.