Op zekere dag besloot hij z’n dromen waar te maken en vertrok naar Afrika, zogenaamd als arts die, in navolging van Livingstone, genezing en evangelie zou gaan brengen bij de wilden in donker Afrika. Hij was inmiddels getrouwd met een vrouw van Turkse komaf en had de luisterrijke geschiedenis van welvarende Turken uitgebreid bestudeerd. Het was dan ook niet verwonderlijk dat hij zich vaak voorstelde als Turk met de naam Mehemed Emin Pasja, daarmee te kennen gevend dat hij een hoge functie had in de Turkse samenleving. Pasja was de titel voor een provinciehoofd in Turkije. Ook deed hij zich voor als Egyptenaar en hij overwoog zich eveneens tot Brit of Belg te laten naturaliseren.

Hij liet zijn vrouw in Duitsland achter en vertrok naar Egypte. Behalve over een overdosis fantasie beschikte Emin Pasja ook over een aangeboren charme en ieder die hem ontmoette was dadelijk onder de indruk van zijn persoonlijkheid. Op weg naar Egypte ontmoette hij een jonge Ethiopische vrouw die zijn minnares werd en hem een dochter schonk. Tijdens zijn rondreis door Egypte met vrouw en kind ontmoette hij generaal Gordon, een Britse ijzervreter, die ter plaatse voor rust en kalmte zorgde. Die zag wel wat in de innemende Egyptenaar en vroeg hem, mede gelet op zijn ervaring, het gouverneurschap van de provincie Equatoria in Zuid-Soedan, toen nog Egytisch bezit, op zich te nemen.

Emin Pasja liet zich gemakkelijk overhalen en stortte zich met overgave in het luxeleven dat bij zijn functie hoorde. Hij wist de generaal ervan te overtuigen dat zijn leven dagelijks gevaar liep en de generaal op zijn beurt rapporteerde Londen over de ontberingen die zijn afgezant moest doorstaan. Toen de generaal tijdens de slag om Khartoem in 1885 om het leven kwam, besefte Londen onmiddellijk dat Pasja in groot gevaar moest zijn en organiseerde een reddingsoperatie. Dankzij de vrijgevigheid van een aantal welgestelde Britten kon een expeditie worden uitgestuurd om Emin Pasja te redden. De expeditie zou onder leiding staan van de zeer ervaren Stanley. Helaas wist men niet waar precies gezocht moest worden, maar Stanley had voor hetere vuren gestaan en vond hem uiteindelijk in een weelderig paleis, te midden van haremvrouwen en slaven. Zijn bedrog kwam toen al snel uit en hij moest vluchten om het vege lijf te redden, vergezeld door Stanley die gezien werd als een vriend die gekomen was om hem te redden uit de klauwen van de wilden.

Het was nu Stanley’s beurt om het heft in handen te nemen en samen bereikten ze in december 1889 de Afrikaanse oostkust, waar Stanley in Bagamoyo afscheid nam van Emin Pasja die, Duits als hij was, met open armen door het koloniaal bewind werd ontvangen. Hem werd het Liku House als verblijfplaats aangeboden. De Duitsers hingen aan zijn lippen bij het horen van zijn verhalen en waren diep onder de indruk van zijn inspanningen om de wereld van slavernij te bevrijden. Helaas was het verhaal zó overtuigend dat mensen uit het circuit van de illegale slavenhandel besloten dat Emin Pasja uit de weg geruimd moest worden. Tijdens een banket, ter ere van hem aangeboden door de koloniale machthebbers, belandde hij, door nimmer opgehelderde oorzaak vanaf het balkon op straat. In zorgwekkende toestand werd hij naar het ziekenhuis gebracht waar hij zes weken verbleef voordat alle botten weer hersteld waren van de opgelopen schade.

Zijn roem was tot diep in Duitsland doorgedrongen en het was in opdracht van de keizer persoonlijk dat hij afreisde naar westelijker streken om de illegale slavenhandel aldaar een halt toe te roepen én om te onderhandelen met opstandelingen die de Duitsers probeerden een voet dwars te zetten. Hij sloeg zijn tenten op in de omgeving van Kisingani en hervatte zijn luxeleven. De slavenhandelaren waren hem echter niet vergeten, het was duidelijk dat ze in hem een échte bedreiging zagen en in 1892 werd hij door de Arabieren, terwijl hij bezig was zijn uitgebreide collectie bloemen, planten en vlinders te catalogiseren, om het leven gebracht. Hij werd gevonden door zijn slaven, die natuurlijk te boek stonden als bedienden. Zijn keel was van oor tot oor opengesneden.