Bos vindt men in hoofdzaak in de heuvels en de bergen. Daarbij dient onderscheid gemaakt te worden tussen de bossen die groeien rond Lake Victoria en de bebossing in het westen van Uganda, waar veel regenwouden voorkomen. Het laagland kent nauwelijks bebossing meer, de meeste bosgrond is ontgonnen ten behoeve van de landbouw. Echt oerwoud kunt u nog vinden in het uiterste westen, in het noorden en het noordwesten van Uganda. Veel van de nog bestaande bossen, zeker die welke deel uitmaken van een natuurpark of reservaat, zijn van overheidswege beschermd. Ze worden op beperkte schaal toegankelijk gemaakt ten behoeve van de wetenschap en het (eco-)toerisme.

In grote delen van het laagland (altijd nog op zo’n 750 tot 1000 meter hoogte), komen veel moerassen voor en men vindt er dan ook geweldige mangrovebossen. Een werkelijk uniek gebied bevindt zich langs Lake Victoria, ten oosten van Kyotera. Vanwege de vele overstromingen is dit gebied niet eenvoudig toegankelijk, maar vanwege dezelfde overvloed aan water is een natuurgebied ontstaan waarvan de flora zo indrukwekkend is, dat er maar weinig plaatsen op de wereld zijn die een vergelijking kunnen doorstaan.

Op de wat hogere gedeelten in het binnenland zijn tientallen grassoorten te vinden, tegen de hellingen van de bergen gaat de bebossing over in gras-, heide- en mosgebieden.

De vochtige savannen vindt u verspreid over het gehele land, vaak in het verlengde van mangrove gebieden. Natte en droge savannen hebben weliswaar dezelfde kenmerken, de vegetatie op de natte savannen is aanmerkelijk uitbundiger dan die op de droge savannen, het doet allemaal wat groener aan en de begroeiing is wat hoger.

Droge savannen komen eveneens op verschillende plaatsen voor. Vooral in de hoger gelegen gebieden, bijvoorbeeld in het zuiden, op de grens met Tanzania. Ook achter de bebossing van Lake Victoria treft men veel droge savannen aan. In feite vindt u ze in geheel zuidelijk Uganda, vanaf de grens met Tanzania noordwaarts tot aan Lake Albert, uiteraard met uitzondering van het grensgebied met R.D. Congo, waar zich bergen en regenwouden bevinden. Droge savannen komen voor tot een hoogte van 2000 meter en er kunnen grassen, struikgewas en bomen groeien. In de lagergelegen gebieden komen zelfs droge baobabbossen voor.

Hogerop vindt u ondoordringbare acaciabossen. In het noordoosten van Uganda worden ze ‘wait-a-bit’- (’ho-eens-even’) bomen genoemd. Bij bossen moet u zich geen uitgestrekte wouden voorstellen, het gaat meer om groepen bomen in de schaduw waarvan dieren graag vertoeven als de zon hoog aan de hemel staat. Natuurlijk vindt u er vele grassoorten. De hoogte van het gras varieert en is afhankelijk van de hoogte waarop het groeit en de hoeveelheid regen die er gevallen is. En áls er regen gevallen is, zowel in de schijnbaar droge gebieden als op andere plaatsen waar u dat niet zou verwachten, kunt u een kleurenpracht aanschouwen die elke verbeelding te boven gaat.

Ondanks het feit dat er, in vergelijking tot het verleden, weinig bos meer over is, op sommige plaatsen komen nog wel 70 tot 80 verschillende vegetatievormen per hectare voor. In een aantal gevallen wordt duidelijk dat de natuur er zelf alles aan gedaan heeft om te overleven. Op plaatsen en hoogten waar een bepaalde boom of struik nergens anders ter wereld voorkomt, gedijt deze in Uganda.

Het kappen van bomen is in het gehele land aan strenge regels gebonden. In een aantal parken is dit, anders dan op aanwijzing van een deskundige, geheel verboden, maar ook op alle andere plaatsen gebeurt dat pas na toestemming van de functionarissen die de overheid daarvoor heeft aangesteld.