Op dat moment bestond er een pauselijk schisma. Eén van de twee pausen van dat moment (een in Rome en een in Avignon) deed hem in de ban. Niet lang daarna werd Jan Hus naar het concilie van Konstanz ontboden. Keizer Sigismund beloofde hem een vrijgeleide. Hus weigerde echter zijn uitspraken te herroepen en werd tot de brandstapel veroordeeld. Sigismund liet daarop geen overtuigend protest horen. Het vonnis werd op 6 juli 1415 voltrokken. In de vier jaar volgend op zijn dood wonnen de ideeën van Hus steeds meer aan populariteit. In 1419 volgde Sigismund (1419-1437) zijn overleden broer Wenceslas IV als koning van Bohemen op. Hij werd echter maar door weinigen geaccepteerd. In datzelfde jaar kwamen de hussieten in opstand. Zij vonden dat de macht van het woord niet voldoende was en namen de wapens op. De hussietenoorlogen braken uit. In Bohemen en Moravië ontstonden twee groepen hussieten, de gematigde utraquisten en de radicale taborieten (naar de plaats Tabor, zie ook aldaar). Zij verenigden zich en bonden de strijd aan met de katholieken. Zij kozen de eenoog Jan Žižka van Trocnov als leider en droegen de kelk in het vaandel.

Keizer Sigismund werd in 1420 door de hussieten op de Vítkov-heuvel verslagen en uit Bohemen verdreven. Ook de paus stuurde troepen, maar zonder succes. De hoge geestelijkheid verloor de macht en Bohemen werd een protestantse staat. In 1431 deed het concilie van Basel concessies om een einde aan de oorlog te maken. Deze concessies waren: de lekenkelk werd geaccepteerd en de voertaal tijdens de mis zou het Tsjechisch zijn. Daarnaast moest Sigismund de confiscatie van de eigendommen van de katholieke geestelijkheid erkennen.

De utraquisten konden zich in dit compromis vinden en legden de wapens neer. De taborieten zetten de strijd echter voort en moesten dit in 1437 met een nederlaag bekopen. Vlak daarvoor, in 1436 werd Sigismund uiteindelijk toch nog als koning van Bohemen geaccepteerd. Onder de gematigde hussiet Jiri van Podebrady brak een nieuwe glansperiode voor Bohemen en Moravië aan. Deze laatste Tsjechische koning kwam in 1458 aan de macht. Hij werd vanwege zijn hussietische sympathieën door de paus in de ban gedaan. De meeste Tsjechen bleven Jirí echter steunen.

Na zijn dood werd Vradislav, een telg uit het Poolse vorstengeslacht der Jagellonen door de Tsjechische edelen tot koning van Bohemen gekozen (1471-1516). Zijn tegenstander Matthias Corvinus, de koning van Hongarije maakte echter eveneens aanspraak op de troon. Geen van beiden bleek sterk genoeg om de absolute macht in handen te krijgen. Uiteindelijk werd een verdrag getekend waardoor Vradislav over Bohemen zou heersen, terwijl Matthias tijdelijk het gezag over de overige Tsjechische staten zou voeren.

In die tijd weigerden de edelen de rechten van de steden te erkennen. Vooral economische rechten, zoals het recht om bier te brouwen waren onderwerp van de ruzies. Beide partijen hadden namelijk geld nodig om de diverse opstanden en oorlogen te financieren.