Het dichte ‘Valdiviaanse regenwoud ‘bedekte oorspronkelijk de gehele regenrijke zone van het kustgebergte, de Centrale Vallei en de voet van de Andes, maar is om z’n waardevolle hout en voor weideaanleg in het laagland en het kustgebergte voor het grootste deel gekapt. Aan de westkant van de Andes is in het merengebied echter nog een groot deel van het Valdiviaanse bos aanwezig in een 50 tot 100 km brede ‘montane zone’ tussen 400 en 950 meter hoogte; vooral in de nationale parken Alerce Andino, Puyehue en Vincente Perez Rosales.

Op een hoogte van 1000-1500 m in de Andes groeit boven het regenwoud een loofbos van bladverliezende Nothofagus-soorten, lenga en ñirre, lijkend op de Europese montane beukenbossen. In het merengebied ligt de boomgrens in deze bossen op 1600 meter. Op een paar plaatsen hoog in de Andes van het Chileens-Argentijns merengebied staan boven het loofbos de majestueuze en duizenden jaren oude naaldbossen van alerce en araucaria. De verspreiding van de araucariabossen is beperkt tot een 250 kilometer lange zone tussen de Cordillera de Nahuelbuta (kustgebergte) en bovenloop van de Bio-Bio tot aan de Chileens-Argentijnse Andes ter hoogte van Valdivia-Junin de Los Andes. In het ontoegankelijke gebied langs de bovenloop van de rivier de Bio-Bio groeien de oudste araucaria’s met leeftijden tot 1500 à 2000 jaar. De araucariabossen zijn voor een groot deel beschermd in nationale parken (zie onder); verder zijn er vooral op de hooggelegen grensgebieden met Argentinië (Icalma, Paso Mamuil Malal) nog uitgestrekte araucariabossen. In het aangrenzende Argentijnse merengebied zijn de araucaria’s beschermd in het Parque Nacional Nahuel Huapi (sinds 1903) en het Parque Nacional Lanin.

In het zuidelijke deel van het merengebied groeien de unieke alercebossen van ‘Alerce andino’, een naaldboom die verwant is aan de reusachtige sequoia’s van Noord-Amerika, en een ouderdom van meer dan 4000 jaar kunnen bereiken. De alerces groeien als geïsoleerde bossen (zogenaamde ‘alercales’) in de zone van het Valdiviaanse regenwoud in enkele steile en tot voor kort ontoegankelijke berggebieden, van Puerto Montt tot in Chiloé en Aisén. Vroeger groeiden de alerces ook in het laagland rond Puerto Montt, maar vanwege het geliefde hout zijn die daar volledig gekapt.

Het beschermen van de prachtige landschappen met meren en vulkanen, en het behoud van de unieke ecosystemen van araucaria- en alercebossen, was de hoofdreden voor het instellen van tien grote nationale parken en reservaten in Araucanía en Los Lagos. Een aantal nationale parken werd al vroeg in de 20e eeuw ingesteld en heeft een goede infrastructuur met wegen, informatiecentra, wandelpaden en hotels of refugios (hutten), andere zijn meer voor de avontuurlijk ingestelde bezoeker en hebben het karakter van wildernisgebied behouden (hier, en ook in de andere nationale parken kan gekampeerd worden). Onderstaand een lijst van nationale parken van het merengebied, met de belangrijkste kenmerken en voorzieningen:

1). Parque Nacional Nahuelbuta (sinds 1939), ten westen van Temuco (kustgebergte, araucaria’s, paden, refugio).

2). Parque Nacional Tolhuaca (sinds 1935), ten noordoosten van Temuco (Andes, regenwoud, araucaria’s, termas, hosteria, paden).

3). Reserva Nacional Malalcahuello (sinds 1931), ten oosten van Temuco (actieve vulkanen, araucaria’s, refugio, mogelijkheden voor meerdaagse trektochten).

4). Parque Nacional Conguillío/los Paraguas (sinds 1950), ten oosten van Temuco (vulkanen, meren, regenwoud, loofbossen, araucaria’s, termas, paden, cabañas, roeien).

5). Parque Nacional Huerquehue (sinds 1963), bij Pucón (Andes, loofbossen, araucaria’s, refugio, mogelijkheden voor meerdaagse trektochten).

6). Parque Nacional Villarrica (sinds 1912), ten zuiden van Pucón (loofbossen, araucaria’s, actieve vulkaan, termas, refugio, mogelijkheden voor meerdaagse trektochten).

7). Parque Nacional Los Alerzales, in het kustgebergte onder Valdivia (regenwoud, alercebossen, kustlandschappen, meerdaagse trektochten).

8). Parque Nacional Puyehue, ten oosten van Osorno (vulkanen, regenwoud, loofbossen, termas, refugio, hosterias, meerdaagse trektochten).

9). Parque Nacional Vincente Perez Rosales (sinds 1926), ten oosten van Osorno/Puerto Montt (vulkanen, meren, regenwoud, boottocht, termas, hotels).

10). Parque Nacional Alerce Andino, in het ontoegankelijke gebied langs de Reloncavibaai ten oosten van Puerto Montt (gebergte, meertjes, regenwoud met alercebossen, paden, refugio’s).