Even buiten het centrum ontdekten arbeiders in 1902 tijdens het graven van een waterput een enorme ondergrondse begraafplaats, een hypogeum. Op de geologische tijdlat wordt het complex aan de hand van gevonden aardewerk geplaatst tussen 3600 en 3000 v.Chr. Aangenomen wordt dat de gewelven tussen 3000 en 2200 v.Chr. zijn uitgebreid.

Omdat er vóór de oudste periode al tempels in Malta werden gebouwd, is het onduidelijk waarom de prehistorische eilandbewoners op zeker moment besloten een ondergrondse begraafplaats aan te leggen. Het Ħal Saflieni hypogeum omvat kamers, nissen, tombes en naar wordt aangenomen rituele ruimtes. Alles is met elkaar verbonden door gangen, trappen en corridors en verdeeld over drie ‘verdiepingen’, tot 11 meter onder straatniveau.

Een logische verklaring is volgens sommige deskundigen, dat de aanbidding van de met de aarde verbonden godin die als Magna Mater of ‘God van de Vruchtbaarheid’ werd aangeduid, en waarvan in klei afbeeldingen zijn aangetroffen (de originelen zijn te zien in The National Museum of Archaeology in Valletta), als uiterste consequentie had dat de bewoners letterlijk in de aarde zijn afgedaald om dichter bij hun god te komen. In het hypogeum zijn stoffelijke resten aangetroffen van meer dan 6000 mensen. Waarschijnlijk werden er ook erediensten gehouden. In enkele ondergrondse ruimten zijn fresco’s aangetroffen o.a. in de vorm van handafdrukken, zoals die ook zijn gevonden in grotten in Spanje en Frankrijk.

Je betreedt het hypogeum met een zeker gevoel van ongeloof. Ga maar na: een kleine 5000 jaar geleden is dit alles met uiterst primitieve middellen uitgegraven en uitgehakt in het zachte kalksteen. Een enorme operatie die een hoge mate van planning en organisatie veronderstelt. Als bezoeker zoek je in het half duister je weg in een vochtig doolhof van kamers en gangen en probeert je staande te houden op de vaak spekgladde trappen. Er wordt telkens maar een beperkt aantal bezoekers in het hypogeum toegelaten om verdere aantasting van de nog aanwezige muurschilderingen te voorkomen.

De toegang tot het Ħal Saflieni hypogeum bevindt zich in een doodgewone straat is bewegwijzerd vanaf de stopplaats van de bus op Paola (of Pawla) Square.