Indrukwekkende plankwortels aan de basis van de stammen geven de woudreuzen extra steun. Doordat er op de bosbodem weinig zonlicht valt is de begroeiing hier niet erg dicht. Op plaatsen waar wel veel licht op de bodem valt, bijvoorbeeld doordat een woudreus is omgevallen, is de vegetatie echter zeer weelderig. Hier krijgen jonge zaailingen een kans om de vrijgekomen plaats in te nemen. Tot de typerende vegetatie van het regenwoud behoren ook de talrijke klim- en wurgplanten. Een andere interessante groep vormen de epifieten. Deze planten groeien op de stammen en takken van de woudreuzen zonder daar overigens water of voedingsstoffen aan te onttrekken. Tot de epifieten behoren honderden soorten prachtige orchideeën en ook vele, vaak fraai gevormde varensoorten. Het tropisch regenwoud is een erg kwetsbaar ecosysteem. Als een stuk bos gerooid is wordt de dunne bodemlaag extra blootgesteld aan erosie en verarmt daardoor snel. Indien de bodem niet al te zeer verarmd is kan zich een secundair bos ontwikkelen dat echter minder imposant en biologisch minder interessant is dan het oorspronkelijke bos. Als er sterke erosie heeft plaatsgevonden en mineralen aan de bodem zijn onttrokken ten gevolge van de teelt van gewassen dan is de bodem meestal te arm geworden voor bosgroei en ontwikkelt zich hoogstens nog een vegetatie van grassen en struikjes. Totaal verschillend van de dipterocarpe bossen zijn de naaldbossen welke voorkomen in het centrale bergland van Luzon. Deze bossen groeien alleen op grotere hoogten in het gebergte, vanaf circa 1000 m en hoger. De voornaamste soort in deze bossen is de Benguet-pijnboom, Pinus insularis. Dankzij de grote variatie in plantengroei hebben de Filippijnse bossen ook een soortenrijke fauna. Dit geldt vooral voor de dipterocarpe bossen.

De koning van de dierenwereld in deze bossen is stellig de Filippijnse arend, Pithecophaga jefferyi. Met een gewicht van 6 à 8 kilo en een lengte van snavel- tot staartpunt van meer dan een meter is het een van de grootste arendsoorten ter wereld. Hij beschikt over geweldige klauwen waarmee hij prooien kan vangen tot het formaat van een klein hert. De Filippijnse arend, die vanwege het feit dat hij soms apen vangt oorspronkelijk apenarend werd genoemd, is thans een bedreigde diersoort. Men schat dat in de resterende wouden van Mindanao, het belangrijkste bolwerk, hooguit nog 20 tot 30 paren in het wild voorkomen. Daarnaast komt een klein aantal voor op Leyte, Samar en Noordoost-Luzon. In de bosgebieden komen nog verscheidene andere roofvogelsoorten voor. Een betrekkelijk gewone soort is de Filippijnse slangen-arend, Spilornis holospilus. Behalve door zijn veel kleinere formaat kan hij van de Filippijnse arend onderscheiden worden door verschillen in het verenkleed. De slangenarend heeft een donkerbruin verenkleed dat bezaaid is met kleine witte vlekjes, terwijl bij de Filippijnse arend zowel de buikzijde als de onderkant van de vleugels lichtcrème van kleur is. Lilliputters onder de roofvogels zijn de Filippijnse dwergvalkjes (Microhierax erythrogonus). Deze valkjes zijn ongeveer zo groot als een spreeuw en hebben een zwarte rugzijde en een witte buikzijde. Ze zitten graag op uitstekende takken aan de bosrand te speuren naar insecten. Opvallende verschijningen onder de bosvogels zijn ook de neushoornvogels, waarvan er zes soorten voorkomen in de archipel. De bekendste daarvan is de rode neushoornvogel (Buceros hydrocorax), die zijn naam dankt aan zijn rode snavel en zijn roestbruine verenkleed. Hij komt voor op Luzon, Mindanao en een aantal van de Visaya-eilanden. De Sulu-neushoornvogel (Anthracoceros montani) van de Sulu-eilanden is op de witte staart na geheel zwart van kleur. De nauwverwante Palawan-neushoornvogel (Anthracoceros marchei) lijkt hier veel op maar heeft een crèmewitte snavel met aan de basis daarvan een roodgekleurd, onbevederd huidgedeelte. Een andere bijzonder fraaie vogelsoort van het eiland Palawan is de zeldzame Palawan-pauwfazant (Polyplectron emphanum). De waaiervormige staart van het mannetje van deze soort wordt gesierd door een groot aantal ovale, glanzend blauwgroene vlekken. In de Filippijnse bossen komt een groot aantal soorten duiven voor, waarvan sommige met zeer fraaie kleuren. Een aparte verschijning is het bloedend hartduifje (Gallicolumba luzonica), zo genoemd vanwege de bloedrode vlek op de buikzijde die de indruk wekt alsof het diertje een dolksteek heeft gekregen. De verscheidenheid aan parkieten is ook vrij groot. Ze vliegen meestal luid kwetterend in groepjes van de ene boomgroep naar de andere. De verschillende soorten parkieten zijn alle overwegend groen gekleurd. De aan hen verwante Filippijnse kaketoe (Kakatoe haematuropygia) is grotendeels wit gekleurd. Behalve de besproken vogelsoorten komen er nog honderden andere soorten voor in de bosgebieden. De kleinere soorten zijn vaak vrij lastig waar te nemen. Men hoort ze wel regelmatig zingen en roepen maar ze blijven door de vegetatie dikwijls aan het gezicht onttrokken.

Nog veel moeilijker te observeren zijn de zoogdieren van het bos. De meeste zoogdieren zijn vooral tijdens de schemering en de nacht actief en leiden een teruggetrokken levenswijze. Bovendien zijn sommige soorten schaars geworden ten gevolge van overbe-jaging en de inkrimping van hun leefgebieden. Voor de tamaraw (Bubalus arnee mindorensis), een alleen op het eiland Mindoro voorkomend dwergrund, was het bijna te laat. Dankzij een tijdens de jaren zestig van de 20e eeuw op gang gekomen beschermingsprogramma is deze soort op het nippertje gered en heeft de populatie zich sindsdien weer geleidelijk hersteld. Niettemin is het nog steeds een schaarse en bedreigde diersoort. Ook wilde zwijnen en herten zijn in veel gebieden schaars geworden. Van de herten komt de Filippijnse sambar (Cervus mariannus) nog het meest verspreid voor. Dit hert is ongeveer even groot als een ree, maar iets robuuster gebouwd en met een indrukwekkender gewei. Het leeft in bosgebieden van Luzon, Mindanao en verscheidene delen van het Visaya-gebied. Op de Calamian-eilandengroep, noordoostelijk van Palawan, komt een sterk bedreigde ondersoort voor van het axishert (Axis procinus calamianensis). Ten zuidwesten van Palawan, op het eiland Balabac, leeft de kantjil (Tragulus nigriens), een merkwaardig dwerghertje waarvan de bokken scherpe slagtanden dragen in de bovenkaak. Nauwverwante vormen komen voor in Indonesië en andere delen van Zuid-oost-Azië. De landroofdieren van de Filippijnse bossen zijn alle klein van formaat. Een vertegenwoordiger van deze groep is de Bengaalse kat (Prionailurus bengalensis), welke ongeveer even groot is als een huiskat. De palmcivetkat (Paradoxus hermaphroditus) is een boombewonende roofdiersoort, welke zich ook wel in nederzettingen begeeft. Eveneens tot de civetkatten behoort de meer op de bosbodem levende tangalunga (Viverra tangalunga). De Filippijnse stinkdas (Suillotaxus marchei) is in zijn verspreiding beperkt tot Palawan en de Calamian-archipel. Op Palawan komen tevens nog voor de merkwaardige binturong of beermarter (Arctictis binturong) en de dwergotter (Amblonyx cinerea). Een zoogdier dat relatief gemakkelijk waargenomen kan worden is de Filippijnse makaak (Macaca irus philippinensis), welke tot dezelfde soort behoort als de op Java en andere delen van Indonesië voorkomende Java-aap. Ondanks het feit dat deze apen veel worden gevangen om gebruikt te worden als proefdieren (vooral in de Verenigde Staten) komen ze nog betrekkelijk algemeen voor. Veel schaarser is het geheimzinnige Filippijnse spookdiertje (Tarsius syrichta). Dit kleine aapachtige diertje met een lichaamslengte van nog geen 20 cm en een staart van 22 à 25 cm komt uitsluitend voor in het zuiden van de archipel (onder andere op Bohol en Mindanao). In verband met zijn nachtelijke leefwijze heeft het spookdiertje verhoudingsgewijs zeer grote ogen. Een andere bijzondere zoogdiersoort van de bosgebieden is de vliegende maki of vliegende lemuur (Cynocephalus volans). Samen met een nauwverwante soort welke elders in Zuidoost-Azië voorkomt vertegenwoordigt de vliegende maki een aparte zoogdierorde. Dankzij een vlieghuid die de staart en de vier poten onderling verbindt is de tot circa 2 kg zware vliegende maki in staat glijvluchten te maken van wel 45 meter. De ware luchtspecialisten onder de zoogdieren zijn natuurlijk de vleermuisachtigen, waarvan zowel veel insectenetende als veel vruchtenetende soorten in de Filippijnen voorkomen. Men heeft in de archipel maar liefst 25 vruchtenetende soorten (vaak aangeduid als 'vliegende honden') vastgesteld. Ruim de helft daarvan is endemisch. De grootste vertegenwoordiger uit deze groep is de goudkruinkalong (Acerodon jubatus) welke een vleugelspanwijdte bereikt van circa 130 cm. De kalong hangt overdag met de kop omlaag in een slaapboom, waar zich dan ook talloze soortgenoten plegen op te houden.

Ook onder de reptielen en amfibieën van het tropische bos bevinden zich 'vliegende' of liever zwevende soorten. Een van de interessantste daarvan is wel het vliegend draakje (Draco volans). Dit 20 cm lange hagedisje heeft langs zijn flanken huidplooien die gesteund worden door ribben en min of meer als een paraplu kunnen worden uitgevouwen. Gedroogde vliegende draakjes worden soms als medicijn verkocht en daardoor zijn ze in veel gebieden schaars geworden. Tijdens een boswandeling heeft men eerder kans om skinken waar te nemen welke gelukkig nog wel algemeen voorkomen. Van de bodembewonende reptielen verdient vooral de indrukwekkende netpython (Python reticulatus) vermelding. Deze reuzenslang kan volgens de literatuur een lengte bereiken van 8,5 meter. De meeste exemplaren zijn echter niet langer dan 3 à 4 meter. Veel beruchter dan de pythons zijn de giftige soorten slangen en dan vooral de cobra's. De grote koningscobra (Ophiophagus hannah) wordt maar liefst 4 meter lang en voedt zich uitsluitend met slangen. Hij schijnt zich voornamelijk agressief te gedragen als men het nest met de eieren benadert. De kleinere, tot circa 2 meter lange gewone cobra (Naja naja) is veel vaker verantwoordelijk voor fatale slangenbeten. Meestal wordt men gebeten doordat men barrevoets loopt en per ongeluk op het dier trapt.

Een zeer interessante en ook relatief makkelijk waar te nemen diergroep van de bosgebieden vormen de vlinders. Vooral de tot de familie Papilionidae behorende paradijsvlinders (geslacht Ornithoptera) vallen op door hun grote formaat en hun prachtige kleuren. Sommige Ornithoptera wijfjes bereiken een vleugelspanwijdte van circa 20 cm. Ze vliegen meestal rond tussen de boomkruinen, maar komen 's ochtends vroeg ook wel af en toe op de grond. Ook de verschillende soorten pages van het geslacht Papilio zijn bijzonder fraai. Deze soorten dragen veelal typerende aanhangsels aan de achtervleugels. Ze plegen zich gewoonlijk lager boven de grond op te houden dan de paradijsvlinders. Nachtvlinders zijn op de Filippijnen eveneens goed vertegenwoordigd. Een van de indrukwekkendste soorten is de atlasvlinder (Attacus atlas).