Al direct vanaf het prille begin van de Spaanse heerschappij hebben de geestelijken zich beziggehouden met missiewerk onder de Filippijnse bevolking. Teneinde meer controle te krijgen over de gekerstende bevolking werden de mensen gedwongen zich te vestigen in grotere dorpen. Volgens beproefde Spaanse koloniale traditie diende elke nederzetting gedomineerd te worden door een indrukwekkende parochiekerk. Nabij de kerk en het raadhuis bevond zich het dorpsplein of 'plaza'. De talloze inheemse talen vormden natuurlijk een probleem bij het missiewerk. Aanvankelijk was het Spaanse beleid erop gericht dat de inheemse bevolking de Spaanse taal machtig moest worden. Filipino's die Spaans konden spreken hadden bepaalde voorrechten. Zij konden zich bijvoorbeeld verkiesbaar stellen voor openbare functies. De monniken op de missieposten die belast waren met het onderwijs realiseerden zich echter dat er ook risico's aan verbonden waren indien de lokale bevolking zou beschikken over een gedegen kennis van de taal van de overheersers. Vooral omstreeks de eerste helft van de negentiende eeuw, toen de kolonies in Latijns-Amerika hun onafhankelijkheid hadden verworven, begon dit besef sterk door te dringen. Een en ander had tot gevolg dat op de Filippijnen het taalonderricht door de monniken minder rigoureus werd uitgevoerd dan in andere kolonies het geval was. Het Spaans is mede daardoor geen voertaal geworden in de archipel.

De nieuwe godsdienst die door de missionarissen gepredikt werd verschilde sterk van de oorspronkelijke, animistische wereldbeschouwing van de Filippijnse bevolking. Van een totale aanvaarding van de nieuwe leer en volledig afstand doen van de oude religieuze gebruiken was aanvankelijk dan ook geen sprake. In de praktijk kwam het er op neer dat allerlei aspecten van het christendom gecombineerd werden met de oude inzichten en tradities en van een eigen interpretatie werden voorzien. De christelijke heiligen fungeerden daarbij als vervangers van de oorspronkelijk vereerde natuurgeesten ('anitos'). Kwaadaardige geesten werden geïdentificeerd met de duivel. Traditionele opvattingen die niet gemakkelijk konden worden ingepast in de nieuwe leer handhaafden zich vaak lange tijd, sommige zelfs tot op de dag van vandaag. Zo komt onder andere op het eiland Cebu, waar het christendom reeds zijn intrede deed ten tijde van de expeditie van Magalhães (1521), nog de gewoonte voor een offerande te brengen aan de beschermgeesten van de oogst. Deze offerande kan bijvoorbeeld bestaan uit een kip en wat rijst. Het voedsel, dat zonder zout is klaargemaakt, plaatst men op een bamboevlot dat men vervolgens door een zeestroom laat meevoeren naar de onbekende plaats van bestemming. Een andere gewoonte die nog voorkomt is het deponeren van varkensbloed in de hoeken van een nieuw gebouwd huis teneinde eventuele boze geesten uit te drijven. Dit ritueel sluit niet uit dat het huis ook ingewijd wordt door de katholieke priester. In feite vult de ene voorzorgsmaatregel de andere aan. Afhankelijk van de streek legde de bevolking soms ook een verschillend accent in de beleving van de christelijke leer. Op Luzon waar vrouwen van oudsher een vooraanstaande rol hadden bij de inheemse stammen kreeg de Maagd Maria een centrale rol toebedeeld in de nieuwe religie. Op Cebu en andere eilanden in het Visaya-gebied werd het Heilig Kind (Santo Niño) de belangrijkste symboolfiguur van het christendom, mede dankzij het feit dat de Spanjaarden in 1521 een beeltenis van het Heilig kind schonken aan Juana, de echtgenote van de toenmalige heerser van Cebu. Talloze beelden van de Maagd Maria en het Heilig Kind zijn op de Filippijnen in verband gebracht met wonderlijke gebeurtenissen. Zo wordt bijvoorbeeld de Spaanse overwinning op de Hollanders tijdens de 'zeeslag van Manila' ('La Naval de Manila', 1646) toegeschreven aan de schitterend versierde beeltenis van Onze Lieve Vrouw van de Rozenkrans (Nuestra Señora del Rosario). Deze gebeurtenis wordt elk jaar op de tweede zondag van oktober gevierd met een kleurrijke processie in Quezon City.

De heiligenbeelden die door de missionarissen gebruikt werden als visuele hulpmiddelen bij hun predikingswerk werden bij de Filipino's bekend onder de naam 'santos' (heiligen). Onder de bevolking bleken zich bekwame beeldhouwers te bevinden die zich gingen toeleggen op het vervaardigen van dergelijke heiligenbeelden. Hoewel ze oorspronkelijk gemaakt werden naar een Spaans voorbeeld kregen de 'santos' toch een typisch eigen Filippijns karakter. Het merendeel van deze beelden werd uit edele houtsoorten vervaardigd, maar Chinese kunstenaars specialiseerden zich in het werken met ivoor waardoor ze in staat waren meer aandacht te besteden aan kleine details. De door hen gemaakte beelden kenmerken zich door de amandelvormige ogen en andere subtiele oosterse aspecten. Het vervaardigen van 'santos' is een nog steeds levende traditie. In de meeste huizen van de katholieke Filipino's bevinden zich wel een of meer beeltenissen van heiligen. Vaak is een apart hoekje in een kamer ingericht als een soort klein altaar, waar men pleegt te bidden en bij speciale gelegenheden enkele kaarsen laat branden. De meer welgestelde burgers hebben in hun tuin niet zelden een zogenaamde 'grotto', een miniatuurgrot met daarin een Mariabeeld, gemaakt naar voorbeeld van de beroemde grot van Lourdes. Ook de interieurs van voertuigen worden vaak opgesierd met heiligenbeeldjes en op de buitenzijde worden vaak schilderingen aangebracht die heiligen uitbeelden.

Begin twintigste eeuw kreeg de rooms-katholieke leer op de Filippijnen te maken met concurrentie van verscheidene andere christelijke geloofsrichtingen. Twee belangrijke daarvan waren van Filippijnse origine. Door Gregorio Aglipay werd in 1902 de Onafhankelijke Filippijnse Kerk (Iglesia Filipina Independiente) opgericht, welke als nationale katholieke kerk een tegenhanger vormde van de officiële kerk van Rome. Het aantal aanhangers van de Onafhankelijke Filippijnse Kerk bedraagt thans ongeveer 4 % van de bevolking. In 1914 richtte Felix Manalo de protestantse Iglesia ni Kristo op. De leer van deze geloofsrichting is sterk beïnvloed door het Amerikaanse protestantisme. De nogal opvallende kerkgebouwen van de Iglesia ni Kristo onderscheiden zich duidelijk van de rooms-katholieke kerken op de Filippijnen. Ongeveer 1 % van de bevolking is aangesloten bij de Iglesia ni Kristo. Vanuit de Verenigde Staten vestigden zich christelijke sekten als de baptisten, methodisten en presbyterianen op de Filippijnen. Zij hebben slechts een kleine minderheid van de bevolking tot hun aanhang kunnen rekenen.