Vaclav Havel en Vaclav Klaus behielden na de splitsing hun positie als president en premier. De aanpak van Klaus wierp de eerste jaren vruchten af, zowel op politiek, economisch als sociaal terrein ging het Tsjechië voor de wind. Gaandeweg nam zijn populariteit echter af, omdat de snelle hervormingen niet voor iedereen gunstig bleken uit te pakken. Bovendien werd hem arrogantie verweten. Na de verkiezingen van 1996 moest hij een minderheidsregering samenstellen. Ruim een jaar later leidde een schandaal over dubieuze giften aan de verkiezingskas tot de val van de premier. Ook Havel had, hoewel in mindere mate, last van een dalende populariteit. Zijn filosoferende houding, die hem zo geliefd maakte, wekte in economisch slechtere tijden soms irritatie op. Hij kon echter nog steeds op zoveel steun rekenen dat hij begin 1998 herkozen werd als president. Zijn goede reputatie in het buitenland heeft er sterk aan bijgedragen dat Tsjechië werd gezien als een betrouwbare kandidaat voor de Europese Unie. In 2003 stelde Havel zich niet opnieuw verkiesbaar. Hij werd opgevolgd door Vaclav Klaus. Niet lang daarna werd Havel uitgeroepen tot ereburger van Praag. Sinds 1 mei 2004 is Tsjechië lid van de Europese Unie.