Hoewel wetenschappers ervan overtuigd zijn dat de geschiedenis van de mensheid in Uganda even ver teruggaat als die van Tanzania, Kenia of Ethiopië, echte bewijzen daarvoor ontbreken nog. Vaststaat dat er al in de steentijd mensen woonden in Uganda. Tijdens opgravingen ontdekte men stenen werktuigen die ongeveer 100.000 jaar geleden gebruikt werden. Als gevolg van het ontbreken van gegevens over duizenden jaren, kan men slechts met zekerheid constateren dat in Uganda mensen hebben gewoond vanaf 2000 v. Chr. De vroegste bewoners waren afstammelingen van het Batwavolk. Nakomelingen van dit volk, de Khoistan, bekend vanwege hun ‘kliktaal’, bevolken nog steeds een klein deel van Uganda, vooral in de regenwouden langs de Congolese grens. Rotstekeningen hebben duidelijk gemaakt dat de Khoistan vanaf ongeveer 1000 v. Chr. op grote schaal Uganda binnentrokken en grote delen van het huidige Uganda bevolkt moeten hebben. Khoistan worden vanwege hun geringe lengte vaak vergeleken met pygmeeën. Ze leefden in hoofdzaak van de jacht. Slechts op bescheiden schaal werd landbouw beoefend. De Batwa gebruikten knollen en vruchten als aanvulling op het vlees dat ze aten.

Vreemd genoeg zijn er (nog?) geen ontdekkingen gedaan die op invloeden wijzen uit de bronstijd. De landbouw kreeg meer betekenis met de komst van het ijzer, ruwweg tussen 600 en 300 jaar v. Chr. De volkeren die zich in Uganda vestigden in die periode waren zeer beïnvloed door volkeren uit Zuidoost-Azië en introduceerden bananen en zoete aardappels, producten die buitengewoon goed gedijden op de vruchtbare Ugandese grond. Er ging overigens nog bijna een millennium overheen alvorens de landbouw van grotere betekenis werd. Pas in de 7e eeuw kwam men op uitgebreidere schaal tot landbouw.

De eerste economische doorbraak kwam toen een tweede grote groep nieuwe volkeren zich in Uganda ging vestigen, zo’n 200 jaar v. Chr. Ze waren hoger ontwikkeld en gebruikten reeds lang ijzeren gereedschappen. De volkeren waren uit het zuiden afkomstig en spraken Bantoetalen.

In de 6e en 7e eeuw nam niet alleen de landbouw een grote vlucht. Ook de veeteelt ging een stempel drukken op het leven in Uganda. Dat was vooral te danken aan de vestiging van Cushites, afkomstig uit Ethiopië en Zimbabwe. Weinigen van hen bleven in Uganda, de meesten trokken naar hun broedervolkeren die zich op de hoogvlakten van Tanzania gevestigd hadden.

In de loop van de eeuwen die volgden moeten zich ook Bantoevolkeren in andere delen van Uganda hebben gevestigd. Over hun precieze herkomst is nog maar weinig bekend, evenmin als over het tijdstip waarop ze Uganda als thuisland kozen. Dat gebeurde in elk geval lang voordat er enige ordening kwam in en tussen de volkeren die in Uganda woonden. Dat gebeurde omstreeks 1500. Men gaat ervan uit dat de Bunyoro-Kitara ontstaan zijn uit deze Bantoevolkeren.